就労継続支援A型の賃金・B型の工賃に消費税はかかる？｜どちらも不課税仕入れになる理由を解説

A型もB型も、利用者への支払いは不課税仕入れになる

就労継続支援事業所が利用者に支払うお金は、A型・B型のどちらも消費税がかからない「不課税」の取引です。不課税とは、そもそも消費税の課税対象にならない取引のことで、売上側で消費税を預からず、支払側でも仕入税額控除ができません。

ただし、不課税になる理由はA型とB型で異なります。A型とB型の違いは、利用者が「雇用契約に基づく就労が困難」かどうかです。A型は雇用契約を結んで賃金を支払い、B型は雇用契約を結ばずに工賃を支払います。この違いが消費税の判断の出発点になります。

区分	利用者との契約	支払いの名称	消費税の扱い	不課税となる理由
就労継続支援A型	雇用契約あり	賃金	不課税仕入れ	給与と同じ扱い
就労継続支援B型	雇用契約なし	工賃	不課税仕入れ	剰余金の分配であり、請負・委任の対価ではない

就労継続支援A型の賃金は「給与」なので不課税

A型の賃金は、一般の従業員に支払う給与と同じく不課税です。就労継続支援A型は、通常の事業所に雇用されることが困難な方のうち、雇用契約に基づく就労が可能な方を対象に、雇用契約を結んで就労の機会を提供する事業です。利用者には最低賃金以上の「賃金」を支払います。

消費税法では、雇用契約に基づいて労働の対価として受け取る給与は、「事業として対価を得て行う役務の提供」に当たらないとされています。つまり、給与等を対価とする役務の提供は課税の対象外です。A型の賃金もこれに該当するため、通常の給与と同様に消費税は不課税となります。事業所側では、仕入税額控除の対象にはなりません。

なお、A型の利用者は労働者ですので、所得税の源泉徴収、社会保険・労働保険の加入など、一般の従業員と同じ労務管理が必要です。

就労継続支援B型の工賃は「剰余金の分配」なので不課税

B型の工賃も不課税ですが、理由はA型と異なります。B型は利用者と雇用契約を結ばないため、工賃は給与には該当しません。

給与に該当しないとなると、次に「利用者との契約が請負や委任に当たるか」を検討する必要があります。もし請負や委任に基づく契約であれば、支払いは外注費や業務委託費となり、課税仕入れとして仕入税額控除の対象になるからです。

しかし、B型の工賃は請負や委任の対価ではありません。指定基準（基準省令）201条1項では、B型事業者は「生産活動に係る事業の収入から生産活動に係る事業に必要な経費を控除した額に相当する金額を工賃として支払わなければならない」と定められています。工賃は生産活動に必要な経費を構成するものではなく、収入から経費を差し引いた剰余金の分配と考えられます。したがって課税仕入れには該当せず、消費税は不課税となります。

おき会計の見解としては、B型の工賃を「外注費」として課税仕入れに計上している事業所は、早めに処理を見直すべきです。仕入税額控除を多く取りすぎている状態になり、税務調査で修正を求められるおそれがあります。

事業所の売上側の消費税も整理しておく

利用者への支払いだけでなく、事業所の売上側も「非課税」と「課税」を分けて管理する必要があります。就労継続支援事業所の収入は、大きく2種類に分かれます。

• 訓練等給付費・利用者負担金：障害福祉サービスの対価であり、社会福祉事業として行われるサービスとして非課税売上げ
• 生産活動の収入：パンや弁当の販売、清掃・農作業・内職の請負など、通常の事業と同じ課税売上げ

この区分は、消費税の納税義務と仕入税額控除の計算に直結します。納税義務の判定に使う基準期間の課税売上高には、非課税売上げである給付費は含まれません。そのため、生産活動の課税売上高が1,000万円以下であれば、給付費を含めた総収入が大きくても免税事業者になります。

課税事業者になった場合は、課税売上割合（全売上のうち課税売上げが占める割合）が低くなりやすい点に注意が必要です。給付費の割合が大きい事業所では課税売上割合が95％未満となり、仕入税額控除を全額ではなく個別対応方式か一括比例配分方式で計算することになります。生産活動の規模によっては、簡易課税を選んだほうが有利な場合もあります。

沖縄での具体例

よくあるご相談を2つ紹介します。

例1：那覇市のB型事業所が、弁当製造と清掃請負を行っている場合

利用者20名のB型事業所が、生産活動として弁当の製造販売と、近隣のオフィスビルの清掃請負を行っているとします。年間の訓練等給付費が3,000万円、生産活動の売上が800万円、利用者への工賃総額が400万円だったとします。この場合、工賃400万円は不課税仕入れで、仕入税額控除の対象になりません。給付費3,000万円は非課税売上げなので、課税売上高は800万円です。基準期間の課税売上高が1,000万円以下なら免税事業者となり、消費税の申告は不要です。

ただし、清掃の請負先である法人から「インボイスを発行してほしい」と求められ、適格請求書発行事業者に登録した場合は、課税事業者として申告が必要になります。その場合、2割特例（売上の消費税の2割を納める経過措置）は令和8年9月30日を含む課税期間までで終了しているため、簡易課税か本則課税のどちらが有利かを検討することになります。

例2：離島のA型事業所が、農産物の加工販売を行っている場合

離島でA型事業所を運営し、利用者10名と雇用契約を結んで、島の農産物を使った加工品を製造・販売しているとします。利用者への賃金は給与として不課税で、所得税の源泉徴収と社会保険の手続きが必要です。加工品の売上は課税売上げです。観光シーズンに売上が偏る場合は、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える年と超えない年が出てくるため、毎年の納税義務の判定を忘れないようにしてください。

向いていないケース・注意点

• B型の工賃を外注費として課税仕入れに計上している。仕入税額控除を取りすぎている状態です。過去の申告も含めて修正を検討してください。
• 給付費と生産活動収入を分けずに売上計上している。納税義務の判定も課税売上割合の計算もできません。会計ソフトで税区分を分けて記帳してください。
• A型なのに雇用契約書や賃金台帳が整っていない。消費税より先に労働法上の問題になります。早めに整備してください。労務の整備そのものは社会保険労務士の領域です。
• 利用者に工賃以外の名目で支払いをしている。例えば利用者に一部の作業を「業務委託」として発注している場合、その部分は実態によって課税仕入れになる可能性があります。契約の実態を個別に確認してください。
• インボイス登録の要否を検討していない。生産活動の販売先が法人中心なら、登録を求められる可能性があります。登録すると納税義務が生じるため、売上規模と販売先の構成を見て判断してください。

参考条文

障害者の日常生活及び社会生活を総合的に支援するための法律施行規則

（法第五条第十四項に規定する厚生労働省令で定める便宜）

第六条の十　法第五条第十四項に規定する厚生労働省令で定める便宜は、次の各号に掲げる区分に応じ、当該各号に定める便宜とする。

一　就労継続支援Ａ型　通常の事業所に雇用されることが困難であって、雇用契約に基づく就労が可能である者に対して行う雇用契約の締結等による就労の機会の提供及び生産活動の機会の提供その他の就労に必要な知識及び能力の向上のために必要な訓練その他の必要な支援

二　就労継続支援Ｂ型　通常の事業所に雇用されることが困難であって、雇用契約に基づく就労が困難である者に対して行う就労の機会の提供及び生産活動の機会の提供その他の就労に必要な知識及び能力の向上のために必要な訓練その他の必要な支援

障害者の日常生活及び社会生活を総合的に支援するための法律に基づく指定障害福祉サービスの事業等の人員、設備及び運営に関する基準

（工賃の支払等）

第二百一条　指定就労継続支援Ｂ型の事業を行う者（以下「指定就労継続支援Ｂ型事業者」という。）は、利用者に、生産活動に係る事業の収入から生産活動に係る事業に必要な経費を控除した額に相当する金額を工賃として支払わなければならない。

２　前項の規定により利用者それぞれに対し支払われる一月当たりの工賃の平均額（第四項において「工賃の平均額」という。）は、三千円を下回ってはならない。

３　指定就労継続支援Ｂ型事業者は、利用者が自立した日常生活又は社会生活を営むことを支援するため、工賃の水準を高めるよう努めなければならない。

４　指定就労継続支援Ｂ型事業者は、年度ごとに、工賃の目標水準を設定し、当該工賃の目標水準及び前年度に利用者に対し支払われた工賃の平均額を利用者に通知するとともに、都道府県に報告しなければならない。

よくある質問

おき会計にご相談ください

就労継続支援事業は、非課税の給付費と課税の生産活動収入、不課税の工賃・賃金が混在するため、消費税の区分管理が欠かせません。おき会計は顧問先の約95％が法人で、freeeやMFクラウドの税区分設定から納税義務の判定、簡易課税の有利判定まで一貫して支援しています。

関連サービスは法人税務申告サービスをご覧ください。消費税の簡易課税については本則課税から簡易課税へ変更する前期の節税の記事も参考になります。

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