インボイス制度で免税事業者のままだと損？登録すべき人・しなくていい人を解説

インボイス制度は2023年10月に始まりました｜免税事業者への影響は「取引先が控除できなくなること」です

インボイス制度の本質は、「インボイス（適格請求書）がない支払いは、支払った側が消費税を控除できない」という仕組みです。この記事は2020年に制度開始前の見通しとして書いたものですが、2023年10月1日に制度が始まり、2026年10月時点では経過措置の第2段階に入っています。

消費税の納付税額は、次の式で計算します。

預かった消費税 − 支払った消費税 ＝ 納付する消費税

「支払った消費税」を差し引くことを仕入税額控除といいます。インボイス制度では、この控除を受けるために、仕入先から登録番号の記載されたインボイスを受け取る必要があります。インボイスを発行できるのは、税務署に登録した「適格請求書発行事業者」だけです。免税事業者は登録できないため、免税事業者への支払いは、支払った側で控除できないのが原則です。

つまり、免税事業者本人が消費税を納めるかどうかより、「取引先が損をするかどうか」が問題になります。取引先が損をすれば、その分の値下げ要請や取引先の変更につながる、という構造です。

免税事業者のままだと損をする仕組み｜益税がなくなり、消費税分の値下げ圧力がかかります

免税事業者が損をする理由は、「今まで利益になっていた消費税（益税）がなくなるうえ、仕入で払った消費税は持ち出しのまま残る」からです。元記事の数字で確認します。

区分	売上	預かった消費税	仕入	支払った消費税	納付税額
課税事業者	110円（税抜100円）	10円	66円（税抜60円）	6円	4円
制度前の免税事業者	110円	10円（納付不要＝益税）	66円	6円	0円
制度後に値下げした免税事業者	100円	0円	66円	6円	0円（6円は持ち出し）

制度前の免税事業者は、預かった10円のうち6円を仕入先に払い、残り4円を納めずに済んでいました。これが益税です。制度後、取引先から「インボイスがないなら消費税分の10円は払えない」と言われて売上を100円にすると、益税4円がなくなるだけでなく、仕入で払った6円を誰からも回収できません。課税事業者を選んで4円を納めた場合と比べて、手元に残るお金は6円少なくなります。

免税事業者が消費税相当額を請求すること自体は禁止されていません。しかし、取引先がその分を控除できない以上、価格交渉で不利になるのは避けられません。これが「免税事業者のままだと損をする」の正体です。

2026年10月から経過措置の控除率が80％から70％に下がりました

免税事業者からの仕入れでも、取引先は一定割合を控除できる経過措置が設けられています。その割合が2026年10月1日に切り替わりました。

期間	取引先が控除できる割合	取引先の持ち出し（税込110円の支払いの場合）
2023年10月1日〜2026年9月30日	消費税相当額の80％	10円×20％＝2円
2026年10月1日〜2028年9月30日	消費税相当額の70％	10円×30％＝3円
2028年10月1日〜2030年9月30日	消費税相当額の50％	10円×50％＝5円
2030年10月1日〜2031年9月30日	消費税相当額の30％	10円×70％＝7円
2031年10月1日以降	控除できない	10円

2026年9月までは、取引先の損は消費税相当額の2割にとどまっていたため、「値下げせずに取引を続けられた」という免税事業者も少なくありませんでした。10月以降は損が3割に増え、2028年10月からは5割になるため、取引先から価格の見直しを求められる場面が増えています。おき会計の見解としては、2026年10月は免税事業者が登録の是非を再検討すべき節目です。

なお、取引先がこの経過措置を使うには、免税事業者が発行した区分記載請求書等の保存と、帳簿への「経過措置の適用を受ける旨」の記載が必要です。請求書には税率ごとの税込金額を明記しておくと、取引先に喜ばれます。

登録すべき人・しなくていい人の判断基準｜取引先が課税事業者かどうかで決まります

登録の判断基準は「売上の相手が仕入税額控除をするかどうか」の一点です。

売上の主な相手	相手はインボイスを必要とするか	登録の目安
一般消費者（飲食店の個人客、美容室、学習塾など）	必要としない	登録しなくてよい場合が多い
免税事業者・簡易課税の事業者	必要としない（簡易課税は売上だけで計算）	登録しなくてよい場合が多い
本則課税の課税事業者（法人の元請、ホテル、広告代理店など）	必要とする	登録を検討すべき
相手が混在	一部必要	課税事業者向け売上の比率と納税額で比較

相手が本則課税の課税事業者なら、未登録のまま続けると、相手の持ち出し（2026年10月から2028年9月までは消費税相当額の3割）を理由にした値下げや取引縮小が起きやすくなります。逆に相手が消費者や簡易課税の事業者なら、あなたがインボイスを出せなくても相手は困りません。この場合は免税のメリットを維持する方が有利です。

登録した場合の納税負担を軽くする方法｜2割特例は終了し、簡易課税が中心になります

登録して課税事業者になった場合、納税額を抑える手段として「簡易課税」を検討してください。2割特例（納税額を売上の消費税の2割にする特例）は、令和8年（2026年）9月30日の属する課税期間で終了しました。個人事業者は令和8年分の申告が最後、法人は2026年9月30日を含む事業年度が最後です。

簡易課税は、基準期間（個人は2年前、法人は前々期）の課税売上高が5,000万円以下の事業者が選べる制度で、業種ごとのみなし仕入率で控除額を計算します。経費のインボイスを集めなくてよいのが利点です。例えば税抜売上800万円のサービス業（第5種、みなし仕入率50％）なら、納付税額は80万円×（1−50％）＝40万円です。本則課税で経費の消費税が40万円より多ければ本則が有利、少なければ簡易が有利です。

簡易課税を使うには、原則として適用したい課税期間が始まる前日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を出す必要があります。2割特例からの移行者には届出時期の特例がありますので、詳しくは「2割特例と簡易課税はどちらが得？」をご覧ください。また、1万円未満の経費はインボイスがなくても控除できる少額特例が2029年9月30日まで続いています。対象となる事業者の条件は「少額特例と特定期間の課税売上高」で解説しています。

免税事業者が登録する手続き｜登録申請書を登録希望日の15日前までに出します

免税事業者が登録する場合、2029年9月30日の属する課税期間までは「適格請求書発行事業者の登録申請書」だけで登録できます。本来必要な「消費税課税事業者選択届出書」は不要です。

1. 登録申請書に「登録希望日」を記載します。提出日から15日以後の日を指定します。
2. e-Taxまたは郵送（インボイス登録センター宛）で提出します。e-Taxなら登録通知も電子で届きます。
3. 登録希望日から課税事業者になります。その日以後の売上について消費税の申告義務が生じます。
4. 請求書・領収書に登録番号（T＋13桁）を記載し、税率ごとの消費税額を明記します。

元記事で説明した「2023年3月31日までの申請」「困難な事情があれば2023年9月30日まで」という経過措置は、制度開始時のものですでに終了しています。現在は上記の15日ルールで、年の途中からでも登録できます。

会社を新しく設立する場合の登録手続きは、「会社設立時からインボイスを発行したい」で別途まとめています。

沖縄での具体例｜観光業・建設業の一人親方・ネット販売で判断が分かれます

沖縄では取引先の属性によって、同じ売上規模でも結論が正反対になります。よくあるご相談を3つ挙げます。

例1：那覇市の建設業の一人親方（年商900万円）。売上の全額が県内の元請（本則課税の法人）からの外注費です。2026年9月までは元請の持ち出しが年間約16万円（消費税相当額約82万円の2割）で済んでいましたが、10月以降は約25万円（同3割）に増えます。元請から「登録しないなら単価を見直す」と言われるのは自然な流れです。登録して簡易課税（建設業は第3種、みなし仕入率70％）を選んだ場合の納税額も約25万円です。求められる値下げ額と登録後の納税額を比べて判断してください。

例2：恩納村で民泊を1棟運営する個人（年商600万円）。宿泊客はほぼ個人旅行者で、予約サイト経由の売上です。宿泊客はインボイスを必要としないため、登録しなくても不利益はありません。ただし法人の社員旅行や研修利用を積極的に取り込みたいなら、登録を検討する価値があります。

例3：石垣島から県外の雑貨店へ卸売をする個人（年商800万円）。取引先の雑貨店が簡易課税なら、先方はインボイス不要です。取引先ごとに「本則課税か簡易課税か」を確認してから判断するのが、遠回りに見えて最短の方法です。

向いていないケース・注意点｜登録しない方がよい人と、登録前に確認すべきこと

• 消費者相手で売上1,000万円以下の事業者は、登録すると納税だけが増え、得るものがありません。お客様の属性を確認してから決めてください。
• 登録後は赤字でも消費税は発生します。消費税は利益ではなく売上に対してかかる税金です。資金繰りに納税資金を組み込んでください。
• 登録のタイミングは課税期間の途中でも可能ですが、取り消しは2年縛りがかかることがあります。登録前に取引先への影響と納税額を試算してから提出してください。
• 簡易課税の届出期限を逃すと、その期は本則課税になります。経費のインボイスをすべて保存する手間が発生します。
• 値下げ要請には交渉の余地があります。免税事業者であることを理由に一方的に価格を据え置く行為は、独占禁止法・下請法上問題となる場合があります。応じる前に、相手の持ち出し額（2026年10月から2028年9月までは消費税相当額の3割）を基準に話し合ってください。

よくある質問

おき会計にご相談ください

インボイスに登録するかどうかは、取引先の属性と納税額の試算で決まります。税理士事務所おき会計では、免税事業者の方の取引先分析から、登録後の簡易課税・本則課税の有利判定、freeeでのインボイス対応の設定まで一貫してサポートしています。初回相談は無料です。

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