結論
メールやクラウドで受け取った請求書・領収書のPDFは、紙に印刷して保管するだけでは法律上の保存になりません。2024年（令和6年）1月1日以降、電子取引のデータは電子データのまま保存することが全事業者に義務づけられています。保存のルールは「改ざん防止の措置」と「日付・金額・取引先で検索できること」の2つで、売上5,000万円以下の事業者には検索要件の免除があります。
電子取引のデータ保存は2024年1月から完全義務化されています
令和3年度の改正電子帳簿保存法により、電子取引のデータを紙で出力して保存する方法は認められなくなりました。元記事を書いた2021年時点では「令和4年（2022年）1月1日から適用」とされていましたが、その後、2年間の宥恕（ゆうじょ）措置が設けられ、実際に紙保存が完全に認められなくなったのは2024年1月1日からです。2026年10月現在は、この完全義務化の状態が続いています。
対象は、法人・個人事業主を問わず、電子データで注文書・契約書・請求書・領収書などをやり取りしているすべての事業者です。次のような取引が1件でもあれば対象になります。
- 取引先からメールで請求書・領収書のPDFを受け取っている
- 取引先にメールで請求書・領収書のPDFを添付して送っている
- Amazon・楽天などのECサイトやクラウドサービスから、PDFやCSVで領収データをダウンロードしている
- クレジットカードやキャッシュレス決済の利用明細をWeb上で受け取っている
おき会計の見解としては、「うちは紙中心だから関係ない」という事業者はほとんど存在しません。ネット通販で消耗品を1つ買えば、その領収書は電子取引データです。
電子取引とは、取引情報を電子データでやり取りする取引のことです
電子帳簿保存法第2条5号では、電子取引を「取引情報の授受を電磁的方式により行う取引」と定義しています。取引情報とは、注文書・契約書・送り状・領収書・見積書など、取引に関して受け取ったり渡したりする書類に通常記載される事項のことです。
具体的には、EDI取引、インターネットを通じた取引、電子メールで取引情報をやり取りする取引（添付ファイルを含む）、Webサイト上で取引情報をやり取りする取引などが含まれます。紙の請求書を郵送で受け取った場合は電子取引ではなく、従来どおり紙のまま保存できます（スキャナ保存を選ぶこともできます）。
紙の書類のスキャナ保存については、紙の請求書・領収書等のスキャナ保存が容易に！令和3年改正電子帳簿保存法で解説しています。
保存の要件は「改ざん防止」と「検索機能」の2つです
電子取引データを保存するときは、真実性の確保（改ざん防止）と可視性の確保（検索・見読）の2つの要件を満たす必要があります。順番に見ていきます。
改ざん防止の措置は4つのうちどれか1つで足ります
次の①〜④のうち、いずれか1つの措置を行えば真実性の要件を満たします。
- 発行者側でタイムスタンプが付与された電子取引データを保存する
- 受領後、速やかに（最長で約2か月と概ね7営業日以内に）受領者側でタイムスタンプを付与して保存する
- データの訂正・削除の履歴が残るシステム、または訂正・削除ができないシステムで保存する
- 正当な理由のない訂正・削除を防止するための事務処理規程を定め、その規程に沿って運用する
①〜③で対応できない場合の受け皿が④の事務処理規程です。国税庁のサイトに法人用・個人事業者用のひな形が公開されているので、ゼロから作る必要はありません。おき会計の見解としては、freeeやマネーフォワードクラウドのファイルボックス機能（③に該当）を使いつつ、念のため④の規程も備え付けておく運用が、中小企業にとって最も現実的です。
検索機能は「日付・金額・取引先」の3項目が基本です
電子取引データは、「取引年月日」「取引金額」「取引先」の3項目で検索できる状態にしておく必要があります。税務職員からデータのダウンロードを求められたときに応じられるようにしていれば、範囲指定や項目の組み合わせによる検索機能までは不要です。
専用システムがなくても、ファイル名を「20261025_110000_株式会社○○.pdf」のように付けて保存するか、Excelで索引簿を作れば要件を満たせます。
売上5,000万円以下なら検索要件そのものが不要になります
元記事の時点では「前々事業年度の売上高1,000万円以下」が検索要件免除の基準でした。令和5年度の改正で、2024年1月1日以降は基準が「5,000万円以下」に引き上げられています。
| 項目 | 2021年時点（改正前） | 2026年10月現在 |
|---|---|---|
| 紙保存が認められなくなる時期 | 2022年1月1日から | 2024年1月1日から完全義務化（2022〜2023年は宥恕措置） |
| 検索要件が不要になる売上基準 | 前々事業年度の売上1,000万円以下 | 前々事業年度の売上5,000万円以下（ダウンロードの求めに応じることが条件） |
| 出力書面による検索要件の代替 | なし | 日付・取引先ごとに整理した出力書面を提示できれば、売上規模を問わず検索要件不要 |
| 猶予措置 | なし | 相当の理由があり、ダウンロードの求めと出力書面の提示に応じられれば、保存要件を満たさなくても保存可 |
注意したいのは、検索要件が不要になっても「電子データを保存する義務」はなくならないことです。PDFを削除して紙だけ残す、という運用は売上規模にかかわらず認められません。
見読可能性と関係書類の備付けも必要です
保存した電子取引データを、整然とした形式で明瞭に出力できるようにしておく必要があります。具体的には、ディスプレイとプリンタ、その操作説明書を備え付けておけば足ります。普段の業務で使っているパソコンとプリンタで十分で、特別な機器を買う必要はありません。
電子保存に使うシステムの概要書の備付けも要件に含まれていますが、市販のソフトやクラウドサービスを使っていて自社開発のプログラムを使っていない場合は不要です。
要件を満たさないと青色申告の取消しや重加算税の加重につながります
保存要件を満たしていない電子取引データは、法令に従った保存が行われていないものとして扱われます。国税庁は「直ちに青色申告の承認が取り消されるわけではない」としていますが、取消しの可能性はゼロではなく、他の帳簿・書類の保存状況も含めて総合的に判断されます。
また、電子取引データの改ざんや隠ぺいがあった場合、通常の重加算税（35％または40％）にさらに10％が加重されます。「保存していない」より「改ざんした」方がはるかに重いペナルティになる点は、2021年から変わっていません。
2024年1月以降の義務化の詳しい内容は、電子取引データ保存義務化に注意！【2024年（令和６年）１月以降】も参考にしてください。
沖縄での具体例
電子取引データ保存の相談で多いのは、「どこまでが電子取引か分からない」というケースです。例えば那覇市の飲食店の場合、食材の仕入れは紙の納品書と請求書、ネット通販の備品購入はメールの領収書、Uber Eatsなどデリバリーの売上明細はWeb画面からのダウンロード、という3種類が混在します。このうち電子データで保存しなければならないのは、ネット通販の領収書とデリバリーの売上明細です。
観光業では、OTA（楽天トラベル・じゃらんなど）の予約・精算データや、海外の予約サイトからの振込明細がすべて電子取引に該当します。離島のゲストハウスでも、取引のほとんどがオンラインで完結しているため、実質的に「ほぼ全部が電子取引」という状態になりがちです。
建設業では、元請からの注文書・請求書がメールのPDFで届く一方、下請への支払通知は紙、というパターンがよくあります。元請とのやり取りだけ電子保存の対象になる、という切り分けが必要です。
いずれの業種でも、おき会計がお勧めしているのは、freeeやマネーフォワードクラウドのファイルボックスに領収書PDFを放り込んで、取引と紐づける運用です。会計ソフトに取り込んだ時点で日付・金額・取引先が登録され、訂正・削除の履歴も残るため、保存要件を自然に満たせます。
向いていないケース・注意点
自社だけで対応するのが難しい、または注意が必要なケースを挙げます。
- 「印刷して紙で保管」を続けているケース：2024年1月以降は保存義務違反の状態です。紙を捨てる必要はありませんが、元のPDFデータも必ず残してください。
- 担当者の個人メールにしか領収書がないケース：担当者が退職するとデータごと消えます。会社の共有フォルダや会計ソフトに集約する仕組みが必要です。
- スクリーンショットだけ保存しているケース：画面のキャプチャでも電子取引データとして扱えますが、日付・金額・取引先が読み取れ、検索できる状態にしておく必要があります。
- 猶予措置に頼りきるケース：「相当の理由」が認められるかは税務署の判断です。猶予措置はあくまで例外で、整備を先延ばしにする根拠にはなりません。
- 消費税のインボイス保存と混同するケース：電子インボイスも電子取引データです。仕入税額控除のためにも、同じルールで電子保存が必要です。
よくある質問
Q. メールで届いた請求書を印刷して保管しています。問題ありますか？
A. 印刷した紙だけを残す方法は、2024年1月1日以降は認められていません。印刷すること自体は自由ですが、元のPDFデータも電子データのまま保存し、日付・金額・取引先で探せる状態にしておく必要があります。
Q. 売上が5,000万円以下なら、何もしなくてよいのですか？
A. いいえ。免除されるのは「検索機能の確保」だけです。電子データを保存する義務と、改ざん防止の措置（事務処理規程の備付けなど）は売上規模にかかわらず必要です。また、税務調査でデータのダウンロードを求められたときに応じられることが免除の条件です。
Q. タイムスタンプは必ず必要ですか？
A. 必須ではありません。訂正・削除の履歴が残るクラウド会計ソフトで保存する方法や、事務処理規程を備え付けて運用する方法でも要件を満たせます。中小企業では、タイムスタンプを使わずに規程＋クラウド会計で対応している例が大半です。
Q. 事務処理規程はどこで手に入りますか？
A. 国税庁のWebサイトに「電子取引データの訂正及び削除の防止に関する事務処理規程」のひな形（法人用・個人事業者用）が公開されています。自社の実態に合わせて責任者名や運用方法を書き換えて使います。
Q. freeeを使っていれば自動的に要件を満たせますか？
A. ファイルボックスに領収書等を保存し、取引と紐づける運用をしていれば、改ざん防止・検索の要件を満たせます。ただし、ファイルボックスに入れずにパソコンのフォルダに置いたままのPDFは対象外です。「必ずファイルボックスに入れる」という運用ルールの徹底が前提になります。
おき会計にご相談ください
税理士事務所おき会計は、freee・MFクラウド等の導入支援300件以上（当事務所調べ）の実績をもとに、電子取引データ保存の要件を日常の経理の流れに組み込む形でサポートしています。那覇市を中心に沖縄県全域に対応し、離島の事業者にはオンラインで対応しています。
「どのデータが対象か仕分けてほしい」「クラウド会計を使って手間なく対応したい」という方は、初回相談無料ですのでお気軽にお問い合わせください。
