結論
不動産業者ではない会社が土地をたまたま売却すると、土地の売却は非課税売上のため「課税売上割合」が大きく下がり、仕入税額控除が減って消費税の納税額が増えます。これを防ぐには、土地を売却した課税期間の末日までに「消費税課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請書」を税務署に提出し、翌課税期間開始から1か月以内に承認を受けることです。要件は①土地の売却が単発、②営業の実態に変動なし、③過去3年間の課税売上割合の最高と最低の差が5％以内の3つ。記事の例では540万円の節税になります。
土地の売却は非課税売上ですが、消費税の納税額を増やします
「土地の売却は非課税だから、消費税には関係ないのでは？」と思われる方が多いのですが、実は納税額に影響します。原則課税（一般課税）の消費税は、売上で預かった消費税から、仕入れや経費で支払った消費税（仕入税額控除）を差し引いて計算します。この仕入税額控除の金額を決めるときに「課税売上割合」が使われるからです。
課税売上割合＝課税売上高÷（課税売上高＋非課税売上高）
土地の売却代金は通常高額で、しかも非課税売上です。分母だけが大きくなるため、課税売上割合が一気に下がります。課税売上割合が下がると、特に次の2つの場面で仕入税額控除が減少し、納税額が増えます。
- 課税売上高5億円以下で課税売上割合95％以上の会社は、支払った消費税を全額控除できます（95％ルール）。土地の売却で割合が95％を下回ると、この全額控除が使えなくなり、按分計算が必要になります。
- もともと按分計算をしている会社（課税売上高5億円超など）は、共通対応の課税仕入れについて、下がった課税売上割合でしか控除できなくなります。
土地の売却は頻繁に起こるものではありません。たまたま1回売っただけなのに、その期の課税売上割合で控除額を計算すると、事業の実態を反映しない結果になります。そこで、事業の実態を反映していないと認められる場合には、税務署長の承認を受けて「課税売上割合に準ずる割合」を使うことが認められています。
「課税売上割合に準ずる割合」は、過去の割合のうち低い方を使います
たまたま土地を売却した場合の「課税売上割合に準ずる割合」は、次のいずれか低い方の割合です。
- 前期以前3年間の通算課税売上割合
- 前課税期間の課税売上割合
つまり、土地を売却した期の割合ではなく、通常の営業状態での割合を使って仕入税額控除を計算できる、ということです。
承認を受けるための3つの要件
次の要件をすべて満たす必要があります。
| 要件 | 内容 |
|---|---|
| ①土地の売却が単発 | 土地の譲渡がたまたま（単発で）発生したものであること。継続的に土地を売買している場合は対象外 |
| ②営業の実態に変動なし | 土地の売却を除けば、事業の内容や規模に大きな変化がないこと |
| ③課税売上割合が安定している | 過去3年間の課税売上割合のうち、最も高い割合と最も低い割合の差が5％以内であること |
申請期限は「土地を売却した課税期間の末日」です
手続きの流れは次のとおりです。適用を受けたい課税期間の末日までに、納税地の所轄税務署に「消費税課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請書」を提出し、翌課税期間の開始日から1か月以内に税務署長の承認を受ければ、申請書を提出した課税期間から適用できます。
例えば3月決算の会社が令和8年3月期に適用を受けたい場合は、令和8年3月31日までに申請書を提出し、令和8年4月30日までに承認を受ける必要があります。
承認までの期間は、通常1.5か月から3か月程度かかります。期末ギリギリの提出では翌期開始から1か月以内の承認に間に合わないおそれがあるため、土地の売買契約を結んだ時点で税理士に相談し、早めに申請することをおすすめします。申請書のほかに、消費税の区分別表や土地の売買契約書などの提出を求められることもあるので、事前に資料を準備しておきましょう。
| タイミング | やること |
|---|---|
| 土地の売買契約を結んだとき | 課税売上割合への影響を試算。過去3年の割合の差が5％以内か確認 |
| 売却した課税期間の末日まで | 適用承認申請書を提出（区分別表・売買契約書なども準備） |
| 翌課税期間開始から1か月以内 | 税務署長の承認を受ける |
| 確定申告 | 承認を受けた「準ずる割合」で共通対応分の仕入税額控除を計算 |
| 翌課税期間 | 「課税売上割合に準ずる割合の不適用届出書」を提出 |
節税効果の例：540万円の差が出ます
元記事と同じ設例で効果を見てみましょう。
【前提】サービス業を経営している会社（税率10％、税抜金額）
- 当期の売上（課税売上）：7億円
- 当期に所有していた土地を3億円で売却（非課税売上）
- 課税売上対応の課税仕入れ等：3億円
- 非課税売上対応の課税仕入れ等：900万円
- 共通対応の課税仕入れ等：2億円
- 当期の課税売上割合：7億円÷（7億円＋3億円）＝70％
- 前期以前3年間の通算課税売上割合：97％、前課税期間の課税売上割合：98％ → 準ずる割合は低い方の97％
| 項目 | 準ずる割合の適用なし（70％） | 準ずる割合の適用あり（97％） |
|---|---|---|
| ①売上に係る消費税額 | 7億円×10％＝7,000万円 | 7億円×10％＝7,000万円 |
| ②仕入れに係る消費税額 | 3億円×10％＋2億円×10％×70％＝4,400万円 | 3億円×10％＋2億円×10％×97％＝4,940万円 |
| ③納付税額（①－②） | 2,600万円 | 2,060万円 |
準ずる割合の承認を受けると、540万円（2,600万円－2,060万円）の節税になります。非課税売上対応の課税仕入れ900万円に係る消費税は、どちらの場合も控除できません。
個別対応方式でしか使えない、翌期に不適用届出が必要、の2点に注意
控除対象仕入税額の計算方法には「個別対応方式」と「一括比例配分方式」があります。「課税売上割合に準ずる割合」で計算できるのは、個別対応方式の共通対応課税仕入れ等に係る税額だけです。一括比例配分方式では使えません。一括比例配分方式は2年間継続して適用する義務があるため、前期に一括比例配分方式を選んだばかりの会社は、土地を売却する期に個別対応方式へ戻れないことがあります。
また、この承認は「たまたま土地を売却した課税期間」だけを対象にするものです。翌課税期間には「消費税課税売上割合に準ずる割合の不適用届出書」を提出しなければなりません。提出しないと承認が取り消されるので注意してください。
さらに、承認を受けた後は、たとえ本来の課税売上割合で計算した方が有利になる場合でも、必ず「準ずる割合」で計算しなければなりません。承認申請の前に、どちらが有利かを試算しておくことが必要です。
沖縄での具体例
例1：那覇市の飲食チェーン（法人）が駐車場用地を売却
年商6億円の飲食会社が、使わなくなった社員駐車場の土地を2億円で売却したケースです。課税売上割合は約75％に下がり、店舗の家賃や広告費など共通対応の課税仕入れの控除が大きく減ります。過去3年の割合は99％前後で安定していたため、準ずる割合の承認を受けて数百万円の消費税を回避できる典型例です。
例2：建設会社が所有する軍用地を売却
沖縄では、会社が資産運用目的で軍用地を保有していることがあります。軍用地も土地なので、売却すれば非課税売上です。軍用地料（賃料）も非課税売上として毎期計上されているため、過去3年の課税売上割合に変動がないか（5％以内か）を確認したうえで申請します。
例3：宿泊業の会社が、ホテルの土地と建物を一括で売却
建物の売却は課税売上、土地の売却は非課税売上です。売買契約書で土地と建物の金額が区分されていない場合は、固定資産税評価額などで合理的に按分する必要があります。建物部分が課税売上に加わるため、土地だけの売却より課税売上割合の下落は緩やかになりますが、それでも95％を下回れば影響が出ます。
例4：課税売上高が5億円以下で、割合が95％以上だった会社
売上3億円の会社が土地を5,000万円で売却すると、課税売上割合は約86％に下がり、全額控除が使えなくなります。この規模の会社ほど、普段は按分計算をしていないため影響に気づきにくく、決算後に慌てるご相談が多いパターンです。
向いていないケース・注意点
- 簡易課税や2割特例を適用している会社は、売上から仕入税額控除を計算するため、課税売上割合の影響を受けません。この手続きは不要です。
- 免税事業者も消費税の申告がないため関係ありません。
- 不動産業など、土地の売買が事業の一部である会社は「単発」の要件を満たさないため対象外です。
- 過去3年の課税売上割合の差が5％を超える会社（非課税売上の多い医療・介護・不動産賃貸との兼業など）は要件を満たしません。
- 申請が期末に間に合わなかった場合、その期は本来の課税売上割合で計算するしかありません。売買契約の時点で動くことが重要です。
- 翌期の不適用届出書を忘れると承認が取り消されます。顧問税理士とスケジュールを共有してください。
- 土地の売却益には法人税がかかります。消費税の節税だけでなく、譲渡益に対する法人税の試算、売却時期（決算期）の検討もあわせて行ってください。
よくある質問
Q. 土地を売却した期の決算が終わってから気づきました。今から申請できますか？
A. できません。申請書は土地を売却した課税期間の末日までに提出する必要があります。期末を過ぎてしまった場合は、その期は本来の課税売上割合で計算することになります。土地の売買契約を結んだ時点で税理士に連絡することが、最も確実な対策です。
Q. 一括比例配分方式を使っています。準ずる割合は使えますか？
A. 使えません。準ずる割合が使えるのは個別対応方式の共通対応課税仕入れ等だけです。一括比例配分方式は2年間の継続適用義務があるため、前期に選んだばかりなら個別対応方式に戻ることもできません。土地売却の予定がある場合は、前期の計算方法の選択から見直す必要があります。
Q. 土地と建物を一緒に売却した場合はどうなりますか？
A. 建物の売却は課税売上、土地の売却は非課税売上として、それぞれ分けて計算します。契約書で金額が区分されていなければ、固定資産税評価額の比率などで合理的に按分します。土地部分が非課税売上として課税売上割合を下げる点は同じなので、準ずる割合の検討が必要です。
Q. 承認を受けたのに、本来の課税売上割合で計算した方が有利だと分かりました。選べますか？
A. 選べません。承認を受けた課税期間は、必ず準ずる割合で計算する必要があります。申請前に両方のパターンを試算し、準ずる割合の方が有利であることを確認してから申請してください。
Q. 翌期に不適用届出書を出さないとどうなりますか？
A. 承認が取り消されます。たまたま土地を売却した場合の準ずる割合は、その課税期間限りの承認です。翌課税期間に必ず「消費税課税売上割合に準ずる割合の不適用届出書」を提出してください。
おき会計にご相談ください
土地の売却による消費税の増加は、売買契約の段階で気づけば防げるケースがほとんどです。おき会計の見解としては、「土地を売る話が出たら、決済前に顧問税理士へ一報」をルールにしておくだけで、数百万円単位の消費税を守れます。
おき会計は法人顧問に特化し、決算前に納税見込みを把握して対策する体制を重視しています。消費税の計算方法の選択、法人税の譲渡益対策、売却後の資金繰りまでまとめてご相談ください。初回相談は無料です。
