税務調査で修正申告を勧められたら同意すべき？争うべき？判断基準

執筆・監修:公認会計士・税理士 宮里尚治(税理士事務所おき会計 代表)

この記事の対象読者

• 顧問税理士がいる法人経営者で、税務調査への不安を感じている方
• すでに税務調査で修正申告を勧められているが、応じるべきか迷っている方
• 顧問税理士の税務調査対応に、漠然とした不安を持っている方

沖縄県内の法人税務調査でも、調査官から修正申告を勧められたときに、「応じた方がよいのか」「納得できない部分は争うべきなのか」と迷う経営者は少なくありません。本記事では、沖縄・那覇で法人を中心に税務顧問を行うおき会計が、修正申告を勧められた際に確認すべきポイントと、判断の考え方を整理します。

「同意しないと税務署を敵に回す」という不安

「修正申告を拒むと調査を長引かせてしまうのではないか」「取引先にまで調査(反面調査)が及ぶのではないか」という不安から、内容に十分納得できないまま勧奨に応じてしまうこともあります。

この不安に押されてその場の空気で即答することも、逆に意地になって拒み続けることも、どちらも良い判断とは言えません。判断の材料になる事実を、順番に見ていきます。

争って認められる割合は、高いとはいえない

修正申告に応じず、更正処分を受けて争う道を選んだ場合の結果を、国税庁・国税不服審判所が公表している最新のデータで見てみます。

国税不服審判所が公表した令和7年度の審査請求では、処理件数3,128件のうち、納税者の請求が全部または一部認められたものは226件で、認容割合は7.2%でした。また、国税庁が公表した令和7年度の税務訴訟では、終結件数201件のうち国側が敗訴したものは8件で、その割合は4.0%でした。

ただし、これらは個別案件の「勝率」を示す数字ではありません。税目や争点、証拠関係は案件ごとに異なるためです。一方で、実際に不服申立てや訴訟まで進んだ案件の中でも、納税者側の主張が認められる割合が高いとはいえないことは、判断材料の一つになります。

▶ 沖縄の法人の方へ:実際にどのような場合に調査対象として選ばれやすいか、沖縄国税事務所の令和6事務年度データ(不正発見割合25.4%、業種別の傾向)は、沖縄の法人税務調査、不正発見割合は25.4%｜税務署はどう調査先を選ぶかで詳しく解説しています。

修正申告の勧奨に、応じる義務はない

まず押さえておきたいのは、修正申告の勧奨は法律上、応じるかどうかが納税者の任意に委ねられているという点です。国税庁が公表している「税務調査手続に関するFAQ」には、次のように明記されています。

つまり、応じなければ更正処分に進むというだけであり、応じなかったこと自体を理由に不利益な扱いを受けることは基本的にはありません。この前提を知っておくだけでも、その場の空気に流されて即答することを防げます。

では、修正申告に応じる場合と、応じずに更正処分を受ける場合では、何が違うのでしょうか。両者には、手続上の重要な違いがあります。

修正申告と更正処分では、手続上の性質が異なる

課税処分の取消訴訟では、所得の存在・金額など課税要件を基礎づける事実について、原則として課税庁側が立証責任を負います(最高裁昭和38年3月3日判決)。更正等の処分に進む場合には、処分の根拠となる事実関係や証拠、法的根拠を整理する必要があります。一方、修正申告は納税者自身が申告内容を訂正する手続きです。このように、修正申告と更正処分では手続上の性質が異なります。

修正申告に応じるかどうかは、単に「税務署の指摘に従うか、逆らうか」という問題ではありません。修正申告を提出すれば、その修正申告自体について不服申立てをすることはできません。一方、応じなければ税務署が更正等の処分を行い、その処分に納得できなければ不服申立てという手続が残ります。こうした法的効果の違いを理解しておけば、その場の空気ではなく、指摘内容の根拠や争う価値を踏まえて判断できます。

本当に問うべきは、何に、どこまで納得しているか

ここまでを踏まえると、問うべきことは「拒むか、応じるか」という二者択一ではありません。「勧められている内容のうち、何に、どこまで納得できるか」を精査することです。

• 指摘された論点のうち、事実として動かしようがない部分はどこか
• 指摘のうち、解釈の余地があり、交渉によって圧縮できる可能性がある部分はどこか
• 加算税の区分(過少申告加算税か、重加算税か)は、事実関係から見て妥当か

修正申告を提出した場合、その修正申告自体について不服申立て(再調査の請求・審査請求)をすることはできません。ただし、後になって申告した税額が過大だったと考える場合には、更正の請求を行うことはできます。だからこそ、「応じるかどうか」を決める前に、内容を一つひとつ精査するプロセスが重要です。

「よほどの税額」に決まった金額の基準はない

争う価値があるかどうかは、会社の規模によってまったく変わります。全社共通の絶対額の基準はありません。

争うと決めた場合、税理士費用や弁護士費用に加えて、対応そのものにかかる時間の負担が発生します。中小企業の経営者は、通常、営業や現場の業務も自ら担っていることが多く、調査対応に長く時間を取られると、その間に本業の売上や取引先対応が疎かになり、会社の経営そのものに影響しかねません。争って認められる割合が高いとはいえないことを踏まえると、

• 指摘された追徴税額が、争うためのコスト(専門家費用と、経営者自身の時間を割く負担)を上回っているか
• その税額が、自社の売上・利益の規模から見てどの程度の重さを持つか

を踏まえて、経済合理性で判断すべきものです。同じ100万円の追徴でも、年商数億円の会社にとっての100万円と、年商数千万円の会社にとっての100万円とでは、意味がまったく異なります。

経済合理性だけでは割り切れないケースもある

一方で、すべてを損得勘定だけで判断できるわけでもありません。指摘の中には、経営者にとって「税額の大小にかかわらず、この認定だけは受け入れられない」という論点が含まれることがあります。

典型的なのは、単純なミスや解釈の相違に過ぎない事案を、仮装・隠蔽(重加算税の対象)と認定されそうになっている場合です。重加算税が課されるということは、課税上、仮装・隠蔽があったと認定されることを意味します。問題は追加で納める税額だけではありません。追徴税額が資金繰りに影響するほか、事案の内容や影響の大きさによっては、金融機関など外部の関係者への説明が必要になることもあります。また、一定期間内に無申告や仮装・隠蔽を繰り返した場合には、重加算税等がさらに加重される制度もあります。こうした影響まで含めると、単純な期待値の計算だけでは判断できない場合があります。

▶ 「単純なミス」と「仮装・隠蔽」はどう区別される?:重加算税が問題になる具体的なケースや、単純ミスとの違いについては、「単純ミス」と「重加算税」の分かれ目で詳しく解説しています。

こうした一線がどこにあるかは、経営者自身にしか判断できません。税理士の役割は、その一線を経営者から丁寧に聞き取り、経済合理性の観点からの助言と、経営者本人の納得感の両方を踏まえたうえで、最終的な判断を支えることにあります。

税理士は、公正さを武器に依頼者のために動く代理人である

ここで、税理士という専門家の役割を確認しておきます。税理士法第1条(税理士の使命)では、次のように定められています。

税理士法は、税務署に対する交渉・主張・陳述を行う「税務代理」を、税理士固有の業務として認めています(税理士法2条1項1号)。つまり税理士は、税務調査の場面において、依頼者に代わって税務署と直接やり取りする権限を持つ専門家です。ここでいう「独立した公正な立場」とは、その代理としての活動が、事実を曲げたり法令を無視したりする無理押しの主張ではなく、あくまで事実と法令に基づいた正当な主張であることを意味しています。公正さを保つからこそ、税務署に対して依頼者の言い分を堂々と主張できるのです。

なお、修正申告の指摘に納得できず更正処分を受けたのち、裁判所での訴訟にまで進んだ場合は、代理人になれるのは弁護士に限られます。この段階では税理士は「補佐人」として弁護士とともに出廷・陳述する立場になります(税理士法2条の2)。税務調査・不服申立ての段階までは税理士が単独で依頼者の代理として動けますが、訴訟になれば弁護士との連携が必要になる、という役割分担がある点も押さえておくと、争うかどうかを判断する際の見通しが立てやすくなります。

具体的には、次のような働きが求められます。

• 調査官が法令に則った調査・主張をしているかを検討する。 反面調査の示唆や調査の長期化が、指摘内容の妥当性とは無関係な圧力として使われていないか、その主張の根拠となる法令・通達は何かを確認する
• 調査を無用に長引かせない。 争う必要のない部分まで意地を張って長引かせることは、依頼者の本業への負担を増やすだけであり、これもまた税理士が防ぐべきことです
• 調査官との交渉に力を発揮する。 指摘事項を一括して「全部認める」「全部争う」と考えるのではなく、論点ごとに事実・証拠・法的根拠を整理することが重要です。明らかに誤りがある部分は早めに認める一方、事実認定や法令解釈に争いがある部分、特に重加算税の前提となる仮装・隠蔽の有無については、具体的な資料や経緯を示して主張します。争うべき論点を絞ることで、無用に調査を長引かせず、必要な主張に力を集中させることができます

顧問税理士の対応も、重要な判断材料になる

もう一つ確認しておきたいのが、顧問税理士が依頼者のために、事実と法令に基づいて十分に動いているかです。次のような対応が見られないか、確認してみてください。

• 調査官の言葉をそのまま伝えるだけで、「応じた方がいいと思います」としか言わない
• 調査官の発言や要求が、本当に法令・通達に基づいたものかを確認せず、鵜呑みにして依頼者に伝えている
• 不当と思われる主張があっても、その場で根拠を問い返す、統括官など上位者に事実関係を確認する、書面での説明を求めるといった行動を取らない
• 反面調査や調査長期化の示唆があっても、それが妥当な範囲かどうかを判断せず、ただ経営者の不安に同調して終わる

もし顧問税理士の対応にこうした傾向を感じるなら、それは今回だけの話ではないかもしれません。次に何かあったときも、同じように任せきりで大丈夫か、一度考えてみる価値はあります。

沖縄県内の法人であっても、税務調査への対応方針は税理士事務所によって異なります。重要なのは「税務署と争ってくれる税理士か」ではなく、指摘事項を一つずつ検討し、受け入れるべき部分と主張すべき部分を分けて説明したうえで、必要な主張は行いながら、無用に税務調査を長引かせないことです。

まとめ

• 修正申告の勧奨に応じるかどうかは納税者の任意であり、応じなかったこと自体を理由に不利益な扱いを受けることは基本的にない(国税庁「税務調査手続に関するFAQ」)
• 争って主張が認められる割合は、不服審判所で7.2%(令和7年度)、訴訟で4.0%(令和7年度・国側敗訴割合)と、高いとはいえない
• 修正申告と更正処分では、手続上の性質が異なる
• 判断すべきは「拒むか応じるか」ではなく「何に、どこまで納得できるか」の精査である
• 修正申告は不服申立てはできないが、更正の請求はできる
• 争う価値があるかどうかの基準は会社によって異なり、専門家費用と経営者自身の時間的負担、そして本業への影響を踏まえた経済合理性で考える
• ただし、仮装・隠蔽の認定など、金額では測れない一線については、経済合理性だけで判断できない場合もある
• 税理士の役割は、税務署の指摘をそのまま納税者に伝えることでも、納税者の主張を無条件に押し通すことでもない。事実と法令を確認したうえで、依頼者が受け入れるべき点と主張すべき点を整理し、税務代理人として適切に主張することである

税務調査は、経営者一人で抱え込む場面でも、税理士に丸投げしてよい場面でもありません。特に修正申告を勧められた場合は、その場の雰囲気だけで判断せず、指摘された内容を一つずつ整理することが重要です。

沖縄県内で法人を経営されている方も、税務調査への対応や修正申告の判断に迷ったときに、事実と法令の両面から相談できる専門家を早い段階で確保しておくことが大切です。

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おき会計について

税理士事務所おき会計(沖縄県那覇市首里)は、法人顧問・法人税務に特化した税理士事務所です。freee・マネーフォワード クラウド等の導入支援実績は300件以上、freee会計の5つ星認定アドバイザーとしても登録されております。代表は公認会計士・税理士の宮里尚治です。

日々の記帳から申告・税務調査対応までを一貫して支援し、クラウド会計を活用して証憑と帳簿を結び付けた「調査に強い経理体制」づくりをお手伝いします。なお、当事務所は法人顧問・法人税務に特化しているため、個人の確定申告は原則としてお受けしておりません。

よくある質問

Q. 修正申告を勧められたら、必ず応じなければいけませんか?

A. いいえ。修正申告の勧奨に応じるかどうかは、納税者の任意です。国税庁も、勧奨に応じなかったことだけを理由として、修正申告に応じた場合より基本的に不利な取扱いをすることはないと説明しています。応じない場合には、税務署が調査結果に基づいて更正等の処分を行うことになります。

Q. 修正申告と更正処分は何が違いますか?

A. 修正申告は納税者自身が誤りを認めて提出する手続きで、これ自体について不服申立て(再調査の請求・審査請求)をすることはできません。ただし、後になって税額が過大だったと考える場合には更正の請求ができます。更正処分は税務署が処分として税額を決定するもので、内容に納得できない場合は不服申立てや訴訟で争うことができます。

Q. 更正処分を受けて争った場合、どのくらいの確率で認められますか?

A. 国税不服審判所への審査請求では7.2%(令和7年度)、税務訴訟では国側敗訴割合4.0%(令和7年度)です。これは個別案件の勝率を示す数字ではありませんが、実際に争った案件の中でも納税者側の主張が認められる割合が高いとはいえないことは、判断材料の一つになります。

Q. 反面調査をすると言われたら、応じるしかないのですか?

A. 反面調査に関する言及が、指摘内容の妥当性とは無関係な圧力として使われていないかを見極めることが大切です。その場で即答せず、顧問税理士に法令・通達に基づいた根拠を確認してもらうことをおすすめします。

Q. 顧問税理士が調査官の言うことをそのまま伝えるだけで頼りない場合、どうすればいいですか?

A. 修正申告を勧められた場面での対応は、税理士を見極める良い機会でもあります。指摘された事実と法令を一つずつ確認し、受け入れるべき部分と主張すべき部分を分けて説明してくれるかどうかを基準に考えてみてください。

主な参考資料

• 国税庁「税務調査手続に関するFAQ(一般納税者向け)」
• 国税不服審判所「令和7年度における審査請求の概要」
• 国税庁「令和7年度における訴訟の概要」
• 最高裁判所昭和38年3月3日判決(課税処分取消訴訟における立証責任)
• 税理士法第1条、第2条、第2条の2