税務調査は何を見られる？業種別の着眼点・当日の流れ・加算税の分かれ目を解説

件数を絞る中で進む、調査先選定の高度化

国税庁は令和6事務年度の主要な取組として、AIを活用した予測モデルで調査必要度の高い法人を抽出し、予測モデルが判定した不正パターンに、申告書や国税組織が保有する各種の資料情報を併せて分析したうえで、調査官が実地調査の要否を最終的に判断していると公表しています。つまり「AI・データ分析による判定 → 調査官による分析 → 実地調査」という段階を踏む仕組みです。実地調査の件数を減らしても追徴税額の総額は直近10年で最高（1件あたりでも2番目の高水準）で、不正が見つかる割合も高い水準にあります。もともと調査必要度の高い法人を選ぶやり方を、AI・データ分析でさらに高度化していると考えられ、「規模が小さいから調査は来ない」とは言い切れなくなっています。

統計上の「不正計算」……国税庁が調査結果を集計するときの区分。仮装・隠蔽により所得を脱漏していたものとして整理されるものです。

「仮装・隠蔽」……重加算税の適用を判断する際の主要な要件（国税通則法68条）。

「偽りその他不正の行為」……除斥期間が原則5年から7年に延びるかどうかの要件（国税通則法70条）。

自主的に直すなら何年分？——実務上は原則5年分

「偽りその他不正の行為による7年」の認定は、税務署が調査で行うものです。納税者が自分から7年分を申告する義務はなく、自主的な修正申告は実務上、原則5年分で足ります。だからこそ、調査通知の前に自主的に5年分を直しておくのが定石で、加算税も軽く（または無く）なります。ただし、その後に税務調査が入り、6〜7年前にも不正があると認定された場合は、税務署が更正（職権での課税）で7年分までさかのぼることはあり得ます。

・調査を行う日時と場所

・調査の目的、対象となる税目（法人税・消費税など）

・対象となる期間（何年度分か）

・対象となる帳簿書類

・調査を担当する調査官の氏名・所属

・総勘定元帳・仕訳帳などの帳簿

・法人名義の預金通帳・入出金データ（法人の取引との関連性が疑われる場合には、代表者名義の預金について確認を求められることもあります）

・請求書・領収書・見積書などの証憑

・契約書、注文書、納品書・検収書

・給与関係資料（賃金台帳・源泉徴収簿・タイムカードなど）

・棚卸資料、決算日前後の売上・仕入に関する資料

・調査に必要と認められる範囲で、業務用のメール・チャットやパソコン内の業務データの提示を求められることもあります

建設業

工事は期をまたぐため、売上・原価の計上時期（期ズレ）が最大の焦点です。長期の大規模工事の進行基準や部分完成基準での収益計上、期末の未成工事支出金（完成前の工事原価）を完成工事の費用に振り替えていないか、期首近くの売上が前期のものでないか（作業日報・検収書で確認）が見られます。原価では、キックバックやリベートの原資を捻出するための架空・水増しの外注費、外注費が実態は「給与」でないか（一人親方との区分）が定番です。また、請けた工事をほぼそのまま別会社に流すなど、取引の実態を説明しにくい重層発注は、外注費の否認や仮装・隠蔽を疑われることがあります。加えて、現場で出た鉄くず・スクラップの売却代金など雑収入の計上漏れも、当事務所の実務でよく見かける指摘ポイントです。

医療法人・クリニック

保険診療と自由診療の両面が確認されます。社会保険診療収入は「年間の診療点数×10円」とおおむね一致するか（レセプト・支払調書と照合）、そして自由診療・差額ベッド代・謝礼などの現金収入の計上漏れが焦点です。使用した薬品・材料の量や処置の実績などから、自由診療収入の計上額に不自然な点がないかが検討されることもあります。ほかに、医薬品の在庫や横流し、MS法人（メディカルサービス法人）との取引価格の妥当性、院長の個人的な支出が交際費に混じっていないか、医療機器の特別償却の要件なども見られます。

IT・システム開発（受託・SES・SaaS）

収益をいつ計上したか（期ズレ）が問題になることが多いです。受託開発は検収・納品の時期、期末の仕掛（未完成）案件の原価、そして保守契約やサブスク（SaaS）の年額料金などを、受け取った時点で全額を売上にせず、役務を提供する期間に応じて計上できているか（まだ役務を提供していない未経過分は「前受金」として翌期以降に繰り延べます）が確認されます。フリーランスのエンジニアへの支払いが「外注費」か「給与」かは、会社の指揮監督の有無や代替性、報酬の性格など、契約内容と実際の働き方を総合的に見て判断され、源泉徴収や消費税に影響するため特に厳しく見られます。ほかに、ソフトウェアを資産計上すべきか一時の費用か、IT導入補助金など補助金の収益計上時期、海外事業者から受ける広告配信やクラウド等の「事業者向け電気通信利用役務の提供」を特定課税仕入れとしてリバースチャージ方式で消費税を申告できているか（一般課税で課税売上割合が95%未満の場合などが対象。それ以外は当分の間、申告を要しません）、なども論点です。

訪問看護（訪問看護ステーション）

報酬の計上時期が焦点です。介護保険・医療保険の報酬（レセプト請求）は、入金が約2か月後になるため、サービスを提供した月に「未収」として計上できているかが確認されます。あわせて、利用者からの自費サービスや実費（交通費など）の現金収入の計上漏れ、看護師（常勤・非常勤）の人件費と源泉徴収の適正さなども見られます。

卸売業

売上の計上時期と、リベート・在庫の処理が中心です。期末の締め後（帳端）の売上の計上漏れ、外注先や倉庫への預け在庫の計上、棚卸資産が届出どおりの評価方法か、が確認されます。仕入先から受け取る販売奨励金・リベートの計上時期や処理、得意先へ支払う販売奨励金・売上割戻しの算定基準や交際費等との区分も確認されます。段ボールなど資材の売却代金といった雑収入の漏れにも注意が必要です。

小売業

現金商売のため、売上の計上漏れが最大の着眼点です。立地・売場面積・従業員数から見て売上が妥当か、レジロールと売上・営業日時が一致しているか、自家消費した商品を売上に計上しているかが確認されます。商品券・ポイント販売の処理、段ボール・空き瓶などの売却代金、本部以外からの直接仕入が除外されていないか、棚卸数量の把握、架空アルバイトの人件費（タイムカードと照合）も見られます。

実務での確認ポイント

業種は違っても、重視されるのは「売上の計上漏れ・計上時期のズレ・経費の水増し」の3点に集約されます。日々の記帳と証憑（請求書・領収書・通帳・レジや決済のデータ）が結び付いていれば、多くの指摘は事前に防げます。クラウド会計で取引データと証憑を紐づけて残しておくと、確認の負担も軽くなります。

要注意：署名の前に内容をよく確認する

署名・押印に応じる法的義務はありません。ただし、口頭で「わざとやった」と受け取れる説明をしてしまうと、署名しなくても記録に残る場合があります。単純なミスはミスとして正確に伝える、事実と違う記載はその場で訂正を求める、記憶が曖昧なことを断定しない、判断に迷えば署名を保留して税理士に相談する——これが基本です。なお、その場での写しの交付や撮影は認められていませんが、後日、代表者個人が自己を本人とする保有個人情報として、個人情報保護法に基づく開示請求ができます（法人の税務調査でも、開示請求は法人ではなく代表者個人が本人として行います）。

要注意：事前通知の段階で、具体的な指摘事項を聞き出そうとしない

事前通知では、調査の目的・対象税目・対象期間といった法定の通知事項はきちんと確認しましょう。一方で、「なぜその会社を選んだのか」という理由や、指摘されそうな具体的な内容まではそもそも説明されるものではなく、これをあえて聞き出そうとすることには注意が必要です。というのも、仮に具体的な誤りを知らされた後で修正申告すると、「更正を予知してされたもの」と扱われ、自主的な修正としての加算税の軽減を受けられなくなるおそれがあるからです。理由を問いただすよりも、臨場の前に落ち着いて自主的に点検・修正しておくのが安全です。

実務での確認ポイント

「怪しいかもしれない」と感じた点があれば、調査の連絡を待つより先に税理士に相談し、必要なら自主的に修正するのが、結果として負担の少ない選択になることが多いです。仮に仮装・隠蔽に当たる事実がある場合でも、調査による更正等を予知する前に自主的に修正申告をすれば、重加算税は課されないとされています（国税通則法68条1項）。ただし、調査通知の後に修正した場合は、過少申告加算税などが課されることがあります。

・税務調査の多くは事前通知のある任意調査。正しく備えれば過度に恐れる必要はない。

・見られる点は業種で異なるが、根っこは「売上の計上漏れ・計上時期のズレ・経費の水増し」。

・近年は件数を絞り、追徴税額の総額は直近10年で最高（1件あたりも2番目）。AI・データ分析を活用した選定で「規模が小さいから安心」とは言えない。

・重加算税は「仮装・隠蔽」に限る。単純ミスを取り違えられないよう、事実を正確に伝える。

・誤りに気づいたら、調査通知の前に自主的に修正すると加算税が軽くなる。

Q. 税務調査は何年分さかのぼりますか？

A. 実務上は、まず直近3年分を対象に調査が行われるのが一般的です。ただし、法律で税務署が更正・決定できる期間は原則として法定申告期限から5年で、「偽りその他不正の行為」により税額を免れた場合等には7年となります（国税通則法70条）。調査結果によっては、確認対象が3年から5年、さらに7年へ広がることがあります。

Q. 税務調査を断ることはできますか？

A. 任意調査でも質問に応じる義務があるため、正当な理由なく拒否することはできません。ただし、提示された日程は都合が悪ければ通常、調整できます。

Q. 税務調査は何日くらいかかりますか？

A. 実地調査そのものは1〜2日が一般的ですが、その後の資料確認や質疑応答を含めると、全体では数週間から数か月に及ぶこともあります。

Q. 事前通知なしで税務調査が来ることはありますか？

A. 原則は事前通知があります。ただし、申告内容・過去の調査結果・事業内容などから、事前通知をすると正確な事実の把握が難しくなるおそれ等があると判断された場合には、例外的に通知なしで調査が行われることがあります。なお、現金取引が多いというだけで無予告調査になるわけではありません。

Q. 単純な記帳ミスでも重加算税がかかりますか？

A. 重加算税は、売上除外や書類の偽造など「仮装・隠蔽」が認められる場合に課されるもので、単なる計上ミスや解釈の誤りは対象外とされています。ただし調査での受け答えによって判断が左右されることもあるため、事実を正確に伝えることが大切です。

Q. 質問応答記録書への署名は必ずしないといけませんか？

A. いいえ、署名・押印に応じる法的義務はありません。質問応答記録書は、仮装・隠蔽の有無など重加算税の判断の証拠として使われる書面です。そのため、内容が事実と違えばその場で訂正を求め、記憶が曖昧なことは断定しないことが大切です。応じない場合はその旨が記録されますが、口頭で「わざとやった」と受け取れる説明をすると、署名しなくても記録に残ることがあります。判断に迷う場合は署名を保留し、税理士に相談してください。なお、その場での写しの交付や撮影は認められていませんが、後日、代表者個人が自己を本人とする保有個人情報として、個人情報保護法に基づく開示請求ができます。

Q. 誤りに自分で気づいた場合、調査前に直すと有利ですか？

A. はい。調査通知（実地の調査を行う旨・対象税目・対象期間の通知）より前に自主的に修正申告すれば、過少申告加算税はかかりません（無申告加算税は5%に軽減されます）。調査通知の後でも、「更正等を予知する前」であれば税率は軽減されます。実務上、具体的な誤りをまだ指摘されていない通常のケースでは臨場（実地調査の開始）の前が一つの重要な目安ですが、臨場の前でも具体的な非違事項を知らされた後の修正は「予知後」と判断されることがあります。誤りに気づいたら、できるだけ早く対応するのが安全です。

Q. 自主的に修正申告するなら、何年分を出せばよいですか？

A. 実務上は原則5年分で足ります。「偽りその他不正の行為による7年」の認定は税務署が調査で行うもので、納税者が自分から7年分を申告する義務はありません。調査通知の前に自主的に直せば、加算税も軽く（または無く）なります。ただし、その後の税務調査で6〜7年前にも不正があると認定されれば、税務署が更正で7年分までさかのぼることはあり得ます。

Q. 顧問税理士がいなくても、税務調査の立会いだけ依頼できますか？

A. できる場合があります。税理士事務所おき会計では、法人のお客様を対象に、税務調査の立会い・対応のご相談を承っています。

主な参考資料（一次資料）

・国税庁「令和6事務年度 法人税等の調査事績の概要」（令和7年12月）
・国税庁「令和5事務年度 法人税等の調査事績の概要」（令和6年11月）
・財務省・国税庁「加算税制度の概要」（時期別税率）
・国税庁「質問応答記録書作成の手引」
・国税庁 No.9205「延滞税について」

税務調査の連絡が来た法人の方へ

法人顧問・法人税務に特化した税理士事務所です。freee・マネーフォワード クラウド等の導入支援実績300件以上。事前通知への対応から当日の立会いまでご相談ください。

税務調査の立会い・対応について相談する