結論
住宅ローン控除と、マイホーム売却時の譲渡所得の3,000万円特別控除は、併用できません。新居に入居した年とその前2年・後3年の合計6年間に旧居の売却で3,000万円控除を使うと、新居の住宅ローン控除は受けられません。逆に、入居年の前2年以内に3,000万円控除を使っていた場合も住宅ローン控除は不可です。住み替えでは「旧居の譲渡益にかかる税額」と「住宅ローン控除の総額」を比べ、大きい方を選ぶのが結論です。この制限は2026年10月現在も続いています。
2つの制度のおさらい｜住宅ローン控除は0.7％・最長13年、3,000万円控除は譲渡益を最大3,000万円差し引く特例です
まず両制度の現在の内容を確認します。元記事を書いた2021年当時の住宅ローン控除は「年末残高の1％・最高40万円」でしたが、令和4年度改正で控除率0.7％・控除期間は新築で最長13年に変わりました。さらに令和8年度改正で、対象となる入居期限が2030年末まで5年延長され、省エネ性能の高い中古住宅も控除期間13年になりました。
| 制度 | 内容（2026年10月時点） | 主な要件 |
|---|---|---|
| 住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除） | 年末のローン残高の0.7％を所得税（引ききれない分は一部住民税）から控除。新築は最長13年、中古は10年（令和8年度改正で、省エネ性能の高い中古住宅は13年）。2030年末までの入居が対象。借入限度額は住宅の省エネ性能で異なる | 返済期間10年以上、床面積50平方メートル以上（一定の場合40平方メートル以上。令和8年度改正で40平方メートルの要件が中古住宅にも適用）、合計所得金額2,000万円以下、12月31日まで居住など |
| 居住用財産の3,000万円特別控除 | マイホームの譲渡所得から最高3,000万円を控除。所有期間の長短は問わない | 住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却、配偶者など特別な関係者への売却でないことなど |
住宅ローン控除の借入限度額は入居年と住宅の性能で細かく分かれ、2024年以降に建築確認を受けた新築は省エネ基準を満たさないと対象外です。入居年ごとの最新の限度額は国税庁のサイトでご確認ください。
併用できないルール｜新居の入居年を中心に「前2年・後3年」の計6年間が制限期間です
住宅ローン控除を受けようとする新居の入居年を基準に、その年の前2年・後3年の合計6年間に、旧居の売却で3,000万円控除などの譲渡所得の特例を使うと、住宅ローン控除は受けられません。
| 旧居の売却年（3,000万円控除を使った年） | 新居（x年入居）の住宅ローン控除 |
|---|---|
| x−3年以前 | 適用できる |
| x−2年、x−1年 | 適用できない |
| x年（入居年） | 適用できない |
| x＋1年、x＋2年、x＋3年 | 適用できない（すでに受けた分は修正申告で返す必要がある） |
| x＋4年以降 | 適用できる |
「後3年」は令和2年度改正で2年から3年に延びたもので、2020年4月1日以後の譲渡から適用されています。元記事の時点ですでに3年で、現在も同じです。
併用が制限される譲渡所得の特例は、3,000万円控除のほか、10年超所有の軽減税率の特例、特定居住用財産の買換え特例、相続した空き家の3,000万円控除などです。譲渡損失の損益通算・繰越控除は制限の対象外で、住宅ローン控除と併用できます。
ケース1：先に新居を買い、翌年に旧居を売る場合｜3,000万円控除を使うなら住宅ローン控除を修正申告で返します
前提：x年に住宅ローンで新居（戸建て）を購入して入居し、翌年x＋1年に以前住んでいた旧居（分譲マンション）を売却。
Q1：x年に住宅ローン控除を受け、x＋1年の旧居売却で3,000万円控除を使えますか？
使えません。x年に住宅ローン控除を受けると、x＋1年からx＋3年までの旧居の売却について3,000万円控除は適用できません。住宅ローン控除を優先するなら、旧居の譲渡益には通常どおり課税されます。
Q2：どうしても3,000万円控除を使いたい場合、x年の住宅ローン控除をさかのぼって取り消せますか？
取り消せます。旧居を売却した年分（x＋1年分）の確定申告期限までに、x年分の住宅ローン控除を取りやめる修正申告書を提出し、控除を受けていた税額を納付すれば、x＋1年の旧居売却に3,000万円控除を使えます（租税特別措置法41条の3）。期限を過ぎると選択できなくなるため、売却した年の翌年3月15日までに判断が必要です。
この場合、x年分の修正申告で納付する税額には延滞税がかかる可能性があります。3,000万円控除で浮く税額が住宅ローン控除13年分を上回るかどうか、事前に試算してから選んでください。
ケース2：先に旧居を売り、2年以内に新居を買う場合｜3,000万円控除の撤回はできません
前提：x−2年に旧居（分譲マンション）を売却して3,000万円控除を使い、x年に住宅ローンで新居（戸建て）を購入して入居。
Q3：x年分の確定申告で新居の住宅ローン控除を受けられますか？
受けられません。新居に入居した年（x年）、その前年（x−1年）、前々年（x−2年）に3,000万円控除を使っていると、住宅ローン控除は適用できません。x−2年の売却がぎりぎり制限期間に入ります。売却がx−3年なら問題ありませんでした。
Q4：住宅ローン控除の方が有利と分かったので、x−2年分の3,000万円控除をやめて住宅ローン控除に切り替えられますか？
切り替えられません。要件を満たして適法に3,000万円控除を受けた場合、後から修正申告でその適用を取りやめることは認められていません（国税庁質疑応答事例「居住用財産の譲渡所得の特別控除の特例の適用の撤回の可否」、国税通則法19条）。ケース1と違い、こちらは一方通行です。
この非対称がこの論点の最大の落とし穴です。「先に売って3,000万円控除を使う」判断は、その後2年以内に住宅ローンで家を買う可能性まで織り込んで行う必要があります。
ケース3：住宅ローン控除を受けてきた家そのものを売る場合｜過去の控除を返す必要はありません
ここまでは「住宅ローン控除を受ける家（新居）」と「3,000万円控除を使う家（旧居）」が別々の場合でした。住宅ローン控除を受けてきたマイホームそのものを売却して3,000万円控除を使う場合は、過去に受けた住宅ローン控除をさかのぼって取り消す修正申告は不要です。
ただし、年の途中で売却して転居した年は、12月31日まで居住していないため、その年分の住宅ローン控除は受けられません。売却年の控除を受けられないだけで、過去の分には影響しないという整理です。
どちらを選ぶべきか｜譲渡益にかかる税額と住宅ローン控除の総額を比べます
選択の基準は、「3,000万円控除で減る税額」と「住宅ローン控除で減る税額の合計」のどちらが大きいかです。
旧居の譲渡所得（売却価格−取得費−譲渡費用）に対する税率は、所有期間5年超の長期譲渡で20.315％（所得税15.315％・住民税5％）、5年以下の短期譲渡で39.63％です。所有期間の判定は「不動産売却の所有期間判定は契約日？引渡し日？」をご覧ください。
| 旧居の譲渡益（長期） | 3,000万円控除で減る税額 | 住宅ローン控除の目安（借入3,000万円・13年） | 有利な選択 |
|---|---|---|---|
| 300万円 | 約61万円 | 約200万円前後 | 住宅ローン控除 |
| 500万円 | 約102万円 | 約200万円前後 | 住宅ローン控除 |
| 1,000万円 | 約203万円 | 約200万円前後 | ほぼ同額。所得税額や残高で判断 |
| 2,000万円 | 約406万円 | 約200万円前後 | 3,000万円控除 |
住宅ローン控除の13年分の総額は、ローン残高が返済で減っていくこと、その年の所得税額（および住民税の上限）を超えて控除できないことから、「借入額×0.7％×13年」より小さくなります。借入3,000万円なら200万円前後が目安ですが、所得税が少ない方はもっと小さくなります。源泉徴収票の所得税額を確認して試算してください。
沖縄での具体例｜那覇のマンションを売って郊外に戸建てを買う住み替え
よくあるご相談を挙げます。那覇市内の分譲マンションを10年前に3,200万円で購入した方が、子どもの成長を機に南風原町に戸建てを新築し、住宅ローン3,500万円を借りて今年入居しました。那覇市内のマンション価格は近年上昇しており、旧居は4,000万円で売れる見込みです。
譲渡益は、売却価格4,000万円−取得費（3,200万円から建物の減価償却費を差し引いた約2,800万円）−譲渡費用約130万円＝約1,070万円。長期譲渡の税額は約217万円です。一方、住宅ローン控除は借入3,500万円で13年合計230万円前後が見込まれ、ほぼ拮抗します。
このケースでは、旧居を「新居入居の前々年より前」に売れていれば両方使えました。すでに入居済みなら、所得税額が十分にある共働き世帯は住宅ローン控除、所得税額が少なく控除を使い切れない世帯は3,000万円控除、という判断になります。売却を急がず、入居年から4年目（x＋4年）以降まで待てば両方使えますが、3,000万円控除は「住まなくなってから3年目の年末まで」の期限があるため、両立は難しいのが実情です。
沖縄では米軍基地返還跡地の区画整理や再開発でマンション価格が上がった地域があり、譲渡益が1,000万円を超える住み替えのご相談が増えています。売却と購入の順番を決める前に、一度試算することをおすすめします。
向いていないケース・注意点｜順番とタイミングで結果が変わります
- 先に売って3,000万円控除を使い、2年以内に住宅ローンで買うと、住宅ローン控除は使えず、撤回もできません。購入予定があるなら売却前に試算してください。
- 先に買って住宅ローン控除を受け、3年以内に旧居を売る場合、3,000万円控除を使うなら修正申告と納付（延滞税の可能性あり）が必要です。売却年の翌年3月15日が判断期限です。
- 譲渡益が小さい方は3,000万円控除を使う意味がありません。譲渡益がゼロなら制限もかかりませんので、迷わず住宅ローン控除を選べます。
- 所得税額が少ない方は住宅ローン控除を使い切れず、総額が目安より小さくなります。源泉徴収票で確認してください。
- 自宅兼事務所として事業用に使っている部分がある場合、住宅ローン控除・3,000万円控除ともに居住用部分だけが対象です。詳しくは「自宅兼事務所を経費にすると住宅ローン控除が使えなくなる？」をご覧ください。
よくある質問
Q. 旧居を売ったら赤字（譲渡損）でした。この場合も住宅ローン控除は使えなくなりますか？
A. 使えます。制限がかかるのは3,000万円控除などの「譲渡所得の特例」を使った場合です。譲渡益が出ていなければ3,000万円控除を使う余地がなく、住宅ローン控除への影響はありません。むしろ要件を満たせば、譲渡損失を給与所得などと相殺する「居住用財産の買換え等の場合の譲渡損失の損益通算・繰越控除」と住宅ローン控除を併用できる可能性があります。
Q. 旧居の売却と新居の入居が同じ年です。どちらか一方しか選べませんか？
A. そのとおりです。新居に入居した年に旧居の売却で3,000万円控除を使うと、その新居について住宅ローン控除は適用できません。入居年とその前2年・後3年の計6年間が制限期間で、同じ年はその中心に当たります。譲渡益にかかる税額と、住宅ローン控除の13年分の見込額を比べて選んでください。
Q. 3,000万円控除ではなく、譲渡所得の軽減税率（10年超所有）だけ使う場合も制限されますか？
A. 制限されます。住宅ローン控除と併用できないのは3,000万円控除だけでなく、10年超所有の軽減税率の特例や特定居住用財産の買換え特例なども含まれます。居住用財産の譲渡に関する主な特例はいずれも対象と考えてください。
Q. 住宅ローン控除を受けている家を年の途中で売却しました。その年の住宅ローン控除はどうなりますか？
A. その年分は受けられません。住宅ローン控除は12月31日まで引き続き居住していることが要件で、年の途中で売却して転居した年は適用できません。ただし過去に受けた住宅ローン控除をさかのぼって返す必要はなく、その家の売却に3,000万円控除を使うこともできます。
Q. 親から相続した実家を売って3,000万円控除（空き家特例）を使いました。自分のマイホームの住宅ローン控除に影響しますか？
A. 影響します。被相続人の居住用財産（空き家）に係る3,000万円特別控除も、住宅ローン控除との併用が制限される特例に含まれます。相続した実家の売却時期と、ご自身の新居の入居年の前後6年間が重ならないか確認してください。
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住み替えの税金は、売却と購入の順番、入居年、譲渡益の金額、ご自身の所得税額の4つで有利な選択が変わります。税理士事務所おき会計では、譲渡所得の確定申告と住宅ローン控除の初年度申告をあわせて承っており、売却前の試算にも対応しています。初回相談は無料です。
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