居住用賃貸建物の消費税還付はもうできない？｜現行ルールと3年以内の調整を解説

結論：居住用賃貸建物の消費税は、原則として還付も控除も受けられない

税抜1,000万円以上の居住用賃貸建物を取得した場合、その建物にかかった消費税は仕入税額控除の対象外です。これは2020年10月1日以後の取得分から適用されており、2026年現在も続いています。

仕入税額控除とは、売上にかかる消費税から、仕入れや経費にかかった消費税を差し引く仕組みです。差し引いた結果がマイナスになれば、消費税が還付されます。

住宅の家賃は消費税が非課税です。そのため、賃貸マンション等の住宅用建物の取得費は非課税売上に対応する仕入れになり、本来、建物の消費税は控除できません。しかし改正前は、課税売上である金（金地金）の売買を繰り返して課税売上を発生させ、課税売上割合を高めることで建物の消費税の還付を受ける手法が広く使われていました。

これを防ぐため、令和2年度税制改正で居住用賃貸建物の取得に係る仕入税額控除制度が見直され、居住用賃貸建物の取得費については仕入税額控除そのものが認められなくなりました。課税売上割合がどれだけ高くても、建物の消費税は控除できません。

居住用賃貸建物とは：住宅貸付用でないことが「明らか」な建物以外で、税抜1,000万円以上のもの

居住用賃貸建物とは、「住宅の貸付けの用に供しないことが明らかな建物」以外の建物で、高額特定資産（取得価額が税抜1,000万円以上のもの）に該当するものです。

ポイントは「住宅に使わないことが明らか」でなければ、すべて居住用賃貸建物に含まれるという点です。

建物の種類	判定	仕入税額控除
賃貸マンション・アパート（税抜1,000万円以上）	居住用賃貸建物	できない
用途未定で取得した賃貸物件	居住用賃貸建物	できない
テナントビル・事務所ビル・倉庫	住宅の貸付けの用に供しないことが明らか	できる
1階店舗・2階以上住宅の建物	店舗部分のみ住宅貸付用でないことが明らか	店舗部分のみできる
税抜1,000万円未満の住宅用建物	高額特定資産に該当しない	個別対応方式等の通常ルールで判定（非課税売上対応分は控除不可）

テナントビルのように、住宅の貸付けの用に供しないことが明らかな建物は、従来どおり仕入税額控除ができます。一方、取得時点で住居として貸すか事務所として貸すか決めていない物件は、居住用賃貸建物に該当し、控除できません。

店舗兼賃貸住宅の取り扱い：店舗部分だけは控除できる

1階が店舗、2階以上が住宅仕様になっている賃貸用の建物は、住宅の貸付けの用に供しないことが明らかな部分（1階店舗部分）については仕入税額控除ができます。

建物全体の取得価額を、床面積の割合など合理的な基準で店舗部分と住宅部分に区分し、店舗部分に対応する消費税だけを控除します。例えば建物の消費税が600万円で、店舗部分の床面積が全体の30％なら、180万円が控除の対象です。

区分の根拠として、建築図面、各フロアの用途、床面積の計算資料を保存しておいてください。区分が合理的でないと、税務調査で控除額を否認されるおそれがあります。

取得後3年以内に「課税賃貸用に転用」または「売却」した場合は調整で取り戻せる

居住用賃貸建物について、取得した課税期間の初日から3年を経過する日の属する課税期間（第3年度の課税期間）の末日までに、課税賃貸用（店舗・事務所など）に転用した場合や売却した場合には、それまでの賃貸料収入と売却額をもとに計算した額を仕入控除税額に加算して調整します。

具体的には、次の割合を建物の消費税額に掛けた金額が、第3年度の課税期間の仕入控除税額に加算されます。

• 課税賃貸用に転用した場合：調整期間中の課税賃貸収入 ÷ 調整期間中の総賃貸収入
• 売却した場合：（調整期間中の課税賃貸収入 ＋ 売却額）÷（調整期間中の総賃貸収入 ＋ 売却額）

例えば、建物の消費税600万円のマンションを取得し、2年間住宅として貸した後（住宅家賃収入1,000万円）に、建物を税抜4,000万円で売却した場合、600万円 × 4,000万円 ÷（1,000万円＋4,000万円）＝480万円が加算調整されます。

ただし、売却時には建物の売却額に対する消費税（この例では400万円）を納める必要があります。調整で取り戻せる額と納める消費税の両方を見て判断してください。3年を過ぎてからの転用・売却には調整はなく、控除できなかった消費税はそのままです。

改正の適用時期：2020年10月1日以後の取得から（経過措置あり）

この改正は、2020年（令和2年）10月1日以後に取得した建物について適用されています。

ただし、2020年3月31日までに契約した物件については適用されません。言い換えると、引き渡しが2020年10月1日以後でも2020年3月31日までに契約した物件や、2020年4月1日以降に契約した物件でも2020年9月30日までに引き渡しを受けた物件については、改正前のルールが適用されました。

2026年現在、これから取得する居住用賃貸建物はすべて改正後のルールの対象です。経過措置はすでに役目を終えています。

なお、同じ令和2年度改正では、住宅の貸付けの非課税範囲も見直されました。契約書に「住宅用」と書かれていなくても、建物の状況から住宅として貸していることが明らかであれば、家賃は非課税になります（2020年4月1日以後の貸付けから）。「契約上は事務所用」として課税売上を作る手法も使えません。

沖縄での具体例：那覇のアパート新築・民泊・テナント併用で消費税はこう変わる

沖縄は賃貸住宅の需要が堅調で、アパート建築や中古マンション投資のご相談が多い地域です。消費税の扱いを事前に押さえておかないと、資金計画が狂います。

例1：那覇市で1棟アパートを新築。建物価格は税抜6,000万円（消費税600万円）

すべて住宅として貸す場合、建物の消費税600万円は控除も還付もできません。「消費税還付が受けられるから課税事業者を選択しよう」という改正前の発想は、現在は成り立ちません。600万円は建物の取得価額に含めて減価償却していくことになります。

例2：国際通り近くで1階店舗・2〜4階住宅の賃貸ビルを建築

店舗部分（床面積の25％）に対応する消費税だけ控除できます。ただし控除を受けるには課税事業者であることが前提で、還付を受けるには原則課税を選ぶ必要があります。店舗家賃は課税売上になるため、翌々年以降の消費税の納税額にも影響します。

例3：恩納村で民泊専用の建物を購入

宿泊料を受け取る民泊は消費税の課税取引です。旅館業許可や住宅宿泊事業の届出、建物の構造から「住宅の貸付けの用に供しないことが明らか」と言えれば、居住用賃貸建物に当たらず控除できる可能性があります。ただし、一般の住宅としても貸せる間取りの場合は判定が難しく、取得前に税理士の確認が必要です。

向いていないケース・注意点：還付目的の課税事業者選択はかえって不利になる

改正後は、居住用賃貸建物の購入時に課税事業者を選択しても還付は受けられず、課税事業者としての義務だけが残ります。

• 還付目当てで課税事業者を選択する：還付がないまま、課税事業者選択の2年縛りや、高額特定資産を取得した場合の3年間の免税・簡易課税の制限だけを受けることになります。
• 金地金の売買で課税売上を作る：仕入税額控除そのものができないため意味がありません。さらに令和6年度改正で、金地金等の仕入れが課税期間中に合計200万円以上になると、高額特定資産を取得した場合と同様に免税事業者や簡易課税への移行が制限されるようになりました。
• 用途未定で取得して「後から店舗に貸せばよい」と考える：調整が受けられるのは第3年度の課税期間の末日までに限られ、実際の課税賃貸収入の割合に応じた金額しか戻りません。
• 店舗部分の区分根拠を残していない：合理的な区分が示せないと、店舗部分の控除も否認されるおそれがあります。
• 売却時の消費税を忘れる：3年以内の売却で調整が受けられても、建物の売却額には消費税がかかります。差し引きで考えてください。

おき会計の見解としては、現在の不動産投資で消費税を軸にした節税は考えないほうが安全です。消費税より、所得税・法人税のデッドクロス対策や法人化の判断に時間を使うべきです。

よくある質問

おき会計にご相談ください

居住用賃貸建物の消費税は、建物の用途・取得価額・取得後3年間の使い方で結果が変わります。店舗併用や民泊など判定が分かれる物件は、契約前に確認しておくことが大切です。

税理士事務所おき会計（那覇市首里）では、不動産投資家の消費税の判定、課税事業者選択の有利不利、不動産所得・法人化のシミュレーションまでサポートします。初回相談は無料です。

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