結論
従業員のマイナンバーは「入社時」に扶養控除等申告書とあわせて収集し、既存の従業員は「年末調整」の時期にまとめて確認するのが基本です。制度は2016年（平成28年）1月に始まり、源泉徴収票や支払調書への番号記載は毎年必要になっています。収集の前に、利用目的の通知・本人確認・保管ルールの3つを整えておきましょう。
収集のタイミングは「入社時」と「年末調整」の2回が基本です
新しく従業員を雇ったときは、入社時に提出してもらう「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」にマイナンバーを記載してもらいます。この申告書は本人・配偶者・扶養親族の個人番号を書く欄があり、源泉徴収の計算に必要な書類なので、入社初日に一緒に集めるのが最も確実です。
既存の従業員については、毎年12月の年末調整で翌年分の扶養控除等申告書を書いてもらいます。このときに番号の未収集者や、結婚・出産で扶養親族が増えた人の番号をまとめて確認します。
この記事はもともと2015年、制度開始前の「いつから集め始めるべきか」を解説したものでした。当時は「2016年1月の開始前でも、通知を受けた本人からあらかじめ収集してよい」という国税庁FAQを根拠に、2015年12月の年末調整で集めるようお勧めしていました。制度開始から10年以上がたった現在は、「毎年の年末調整と入社時に確実に集める運用」になっているかが問われます。
マイナンバーの記載が必要な税務書類は毎年あります
事業者が作成する次の書類には、従業員や取引先の個人番号を記載する必要があります。制度開始当初に「平成28年分以降」とされていた書類で、現在はすべて記載が必要です。
| 書類 | 誰の番号か | 提出・作成の時期 |
|---|---|---|
| 給与所得の源泉徴収票（税務署提出用） | 従業員本人 | 翌年1月31日まで |
| 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書 | 従業員・配偶者・扶養親族 | 入社時、年末調整時（会社で保管） |
| 報酬、料金等の支払調書 | 外注先・講師など個人の支払先 | 翌年1月31日まで |
| 不動産の使用料等の支払調書 | 事務所・駐車場などの個人の貸主 | 翌年1月31日まで |
| 所得税の確定申告書 | 事業主本人・扶養親族 | 翌年2月16日〜3月15日 |
| 雇用保険・健康保険・厚生年金の資格取得届 | 従業員本人 | 入社後5日〜10日以内 |
法人税や法人の消費税の申告書に記載するのは、個人番号ではなく13桁の「法人番号」です。法人番号は国税庁のサイトで公開されており、個人番号のような厳格な管理は求められません。
従業員に渡す源泉徴収票（本人交付用）には、マイナンバーを記載しません。税務署に提出する分だけに記載します。この区別を間違えて本人交付用に番号を印字してしまうと、情報漏えいのリスクになります。
本人確認は「番号確認」と「身元確認」の2つが必要です
マイナンバーを収集するときは、番号が正しいことの確認（番号確認）と、提出者が本人であることの確認（身元確認）の両方を行います。
- マイナンバーカード1枚で、番号確認と身元確認の両方ができます。
- マイナンバーカードがない場合は、「マイナンバー記載の住民票の写し」で番号確認、「運転免許証やパスポート」で身元確認を行います。
- 2015年に全世帯へ郵送された「通知カード」は、2020年5月25日に廃止され、新規発行や再交付はされていません。ただし、記載された氏名・住所に変更がなければ、引き続き番号確認書類として使えます。引っ越しや結婚で記載事項が変わった通知カードは使えません。
配偶者や扶養親族の番号については、会社が本人確認をする必要はありません。扶養控除等申告書を書く従業員本人が、家族の番号を確認して記載する仕組みになっています。
収集の前に整えておくべき3つの準備
マイナンバーは、集める前に「利用目的の通知」「取扱ルール」「保管と廃棄の方法」を決めておく必要があります。番号法（マイナンバー法）とガイドラインで事業者に安全管理措置が義務づけられているためです。
- 利用目的を通知する。「源泉徴収票・支払調書の作成事務」「健康保険・厚生年金・雇用保険の届出事務」のように、使い道を従業員に伝えます。就業規則や社内掲示、入社時の案内文で構いません。
- 取扱担当者と保管場所を決める。誰が番号を扱い、どこに保管するかを決めます。紙なら鍵付きの書庫、データなら給与ソフトのアクセス権限で担当者を限定します。
- 保存期間と廃棄の方法を決める。扶養控除等申告書は、提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年間保存し、その後は速やかに廃棄します。必要がなくなった番号を持ち続けること自体がルール違反になります。
従業員100人以下の「中小規模事業者」は、ガイドラインで安全管理措置の方法が簡略化されています。細かな規程を何十ページも作る必要はなく、「担当者を決める」「鍵をかける」「記録を残す」といった現実的な対応で足ります。
なお、2017年1月以降は、会社が従業員と扶養親族のマイナンバーを記録した帳簿を備えていれば、毎年の扶養控除等申告書への番号記載を省略できる取り扱いになっています。給与ソフトに番号を登録しておけば、毎年書いてもらう手間を減らせます。
沖縄での具体例
沖縄の事業者からよくあるご相談を、例をあげて整理します。
例1：那覇市の飲食店で、観光シーズンに短期アルバイトを多く雇う場合。繁忙期の人の入れ替わりが多いと、年末にまとめて番号を集めようとしても、すでに退職して連絡がつかない人が出てきます。対策は「入社初日に扶養控除等申告書と本人確認書類の提示をセットにする」ことです。1か月だけのアルバイトでも源泉徴収票の作成は必要なので、入社時の収集が最も確実です。
例2：建設業で、一人親方に外注費を払っている場合。個人の外注先に年間5万円を超える報酬を支払うと、報酬の支払調書に相手の個人番号を記載する必要があります。工事が終わった年明けに集めようとすると断られることもあるため、新しい外注先と取引を始める段階で番号と本人確認書類を受け取るよう案内します。
例3：離島の従業員やリモート勤務者がいる場合。紙の申告書を郵送でやり取りすると、番号が記載された書類が郵便事故にあうリスクがあります。freee人事労務などのクラウド給与ソフトには、従業員がスマートフォンから自分で番号と本人確認書類を登録できる機能があります。会社側は紙を持たず、アクセス権限のある担当者だけが画面で確認する運用にすれば、安全管理措置の負担も軽くなります。
例4：個人の地主から事務所や駐車場を借りている場合。法人が個人に年間15万円を超える家賃や地代を払うと、不動産の使用料等の支払調書に貸主の番号が必要です。契約時に番号の提供をお願いするのがスムーズです。
向いていないケース・注意点
マイナンバーの取り扱いで多い失敗は、「集めすぎ」と「残しすぎ」です。次の点に注意してください。
- 利用目的以外で集めない。社員名簿や人事評価のために番号を使うことは認められていません。採用面接の段階で番号を求めるのも不適切です。
- LINEや無料チャットで番号を送らせない。手軽ですが、履歴が端末に残り、漏えいのリスクが高くなります。
- 本人確認書類のコピーを放置しない。確認が済んだコピーに保管義務はありません。残す場合は番号部分を黒塗りにするか、申告書と同じ基準で管理します。
- 退職者の番号を持ち続けない。保存期間が過ぎた書類やデータは廃棄・削除し、その記録を残します。
- 従業員が番号の提供を拒んだ場合は、無理に集めない。法令上の義務であることを説明し、それでも提供されなければ経緯を記録します。番号がなくても税務署は書類を受理します。詳しくはマイナンバーが収集できないときの対応をご覧ください。
よくある質問
Q. 入社時に扶養控除等申告書へ番号を書いてもらえば、それで収集は完了ですか？
A. 申告書への記載に加えて、本人確認が必要です。マイナンバーカードの提示、またはマイナンバー記載の住民票と運転免許証などの提示を受けてください。配偶者や扶養親族の分は、従業員本人が確認して記載すれば足ります。
Q. 従業員が通知カードしか持っていません。番号確認に使えますか？
A. 通知カードに記載された氏名・住所が現在と一致していれば、番号確認書類として使えます。2020年5月に廃止されたため再発行はされず、住所変更がある場合は使えません。その場合はマイナンバー記載の住民票の写しを取得してもらってください。
Q. 給与ソフトに番号を入力したあと、紙の申告書は捨ててよいですか？
A. 扶養控除等申告書そのものは、提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年間の保存義務があります。電子データで保存する方法もあります。番号確認に使った本人確認書類のコピーには保存義務がないため、確認後は廃棄して構いません。
Q. 毎年の年末調整で、全員にマイナンバーを書き直してもらう必要がありますか？
A. 会社が従業員と扶養親族の番号を記録した帳簿（給与ソフトのデータでも可）を備えていれば、扶養控除等申告書への番号記載を省略できます。省略する場合は、申告書に「番号は会社の帳簿に記載済み」といった趣旨の表示をしておきます。
おき会計にご相談ください
マイナンバーの収集は、年末調整や法定調書の作成と一体で考えると無理なく回ります。おき会計は、freeeやMFクラウドを使った給与・年末調整の体制づくりを支援しています。
「年末調整のたびに番号集めで慌てる」「紙での保管が不安」という那覇市・沖縄県内の事業者の方は、顧問【会社等】の料金プランをご覧のうえ、お問い合わせフォームからご相談ください。初回相談は無料です。
