結論
免税事業者から課税事業者になった最初の課税期間は、期首に持っている在庫（棚卸資産）のうち免税期間中に仕入れたものについて、その消費税額を仕入税額控除に加えられます（消費税法第36条第1項）。例えば期首在庫が税込330万円（税率10％）なら30万円、消費税の納税額が減ります。条件は本則課税であることと、棚卸資産の明細を作成・保存することです。簡易課税や2割特例を選んだ場合は適用できません。この規定は2026年10月時点でも変わっていません。
課税事業者になった期は期首棚卸資産の消費税を控除できる
会社設立から2年後など、免税事業者から課税事業者になった最初の課税期間は、期首棚卸資産について消費税の調整を行うことで納税額を減らせます。
前期末（課税事業者となった日の前日）に棚卸資産を持っていて、その棚卸資産が免税事業者であった期間中に国内で仕入れたものである場合、その棚卸資産は課税事業者になった課税期間に仕入れたものとみなして、仕入税額控除が認められます（消費税法第36条第1項）。
理由は、課税の整合性にあります。前期末の在庫は免税期間中に仕入れたため、仕入れたときには仕入税額控除を受けていません。しかし、その在庫は課税事業者になってから販売され、売上に対する消費税は申告することになります。仕入側の控除なしに売上側の消費税だけを納めるのは妥当ではないため、期首在庫分の控除が認められているのです。
ご自身で消費税の申告をされている方で、この調整を行っていないケースが多く見られます。課税事業者になった最初の申告では、必ず確認してください。
控除額の計算方法｜期首在庫の税込金額×10/110（軽減税率は8/108）
控除できる消費税額は、期首棚卸資産の取得価額（税込）に、税率ごとに次の割合を掛けて計算します。
| 在庫の種類 | 適用税率 | 計算式 |
|---|---|---|
| 一般の商品・原材料など | 10％ | 税込取得価額 × 10/110 |
| 飲食料品（酒類・外食を除く） | 軽減税率8％ | 税込取得価額 × 8/108 |
例えば、期首在庫の税込金額が、雑貨330万円（10％）と菓子類216万円（8％）だった場合、控除額は30万円＋16万円＝46万円です。この46万円がそのまま納税額の減少につながります。
棚卸資産の金額は、前期末の決算で計上した期末商品棚卸高が基になります。免税事業者は税込経理が原則なので、帳簿上の在庫金額をそのまま税込取得価額として使えます。
適用の条件は「本則課税」と「棚卸資産の明細の保存」
簡易課税・2割特例を選んでいると適用できない
課税事業者になるときに簡易課税制度を選択している場合、期首棚卸資産の調整は適用できません（消費税法第37条第1項）。簡易課税は、売上税額にみなし仕入率を掛けて仕入税額控除を計算する制度なので、実際の仕入れに基づく調整とは相容れないためです。
インボイス制度の開始にあわせて設けられた2割特例（売上税額の2割を納める経過措置）も同様で、仕入税額控除を計算しない方式のため、棚卸資産の調整は関係ありません。
期首在庫が多い会社では、簡易課税や2割特例より本則課税の方が有利になる場合があります。選択する前に必ず試算してください。簡易課税への変更を検討している方は原則（本則）課税から簡易課税に変更予定！節税対策は？もご覧ください。
棚卸資産の明細を作成し保存する
この調整を受けるには、仕入税額控除をする棚卸資産の明細を作成し、保存する義務があります（消費税法第36条第2項）。明細には、品名・数量・税込取得価額・適用税率などを記載します。前期末の実地棚卸表をもとに作成すれば足ります。明細がないと税務調査で控除を否認されるおそれがあります。
免税事業者から仕入れた在庫も全額が対象
令和5年10月のインボイス制度開始後、インボイス未登録の免税事業者などからの仕入れは、控除できる割合が80％（令和8年9月30日まで）、70％（令和10年9月30日まで）、50％（令和12年9月30日まで）、30％（令和13年9月30日まで）に制限されています。しかし、免税事業者から課税事業者になる際の棚卸資産の調整は、この制限の対象外で、免税事業者から仕入れた在庫も全額が調整の対象になります。
逆に免税事業者に戻るときは期末棚卸資産の控除を取り消す
反対に、翌期から免税事業者になる場合は、期末棚卸資産のうち当期に仕入れた分を、当期の課税仕入れから除外する調整が必要です（消費税法第36条第5項）。
課税事業者のときに仕入れて仕入税額控除を受けながら、免税事業者になってから販売して売上の消費税を申告しないのでは、売上と仕入れの消費税のバランスが取れないためです。
こちらも、課税事業者のときに簡易課税制度を選択している場合には調整はありません（消費税法第37条第1項）。
| 区分 | 調整の内容 | 納税額への影響 | 簡易課税の場合 |
|---|---|---|---|
| 免税事業者 → 課税事業者 | 期首棚卸資産（免税期間中の仕入れ分）を課税仕入れに加える | 減る | 調整なし |
| 課税事業者 → 免税事業者 | 期末棚卸資産（当期の仕入れ分）を課税仕入れから除く | 増える | 調整なし |
なお、相続や合併・分割で免税事業者の事業を引き継ぎ、その棚卸資産を取得した場合にも、同様の調整規定があります（消費税法第36条第3項）。
沖縄での具体例
那覇市の国際通りで土産品店を営む合同会社（12月決算）を例にします。設立1期目・2期目は免税事業者でしたが、2期目の売上が1,000万円を超えたため、3期目から課税事業者になりました。簡易課税は選択せず、本則課税です。
2期目末の在庫は、県産菓子・黒糖などの飲食料品が税込216万円（8％）、Tシャツ・工芸品などの雑貨が税込330万円（10％）でした。3期目の消費税申告では、この在庫について16万円＋30万円＝46万円を仕入税額控除に加えることができます。
この会社の3期目の売上税額が200万円、通常の仕入れに係る控除税額が120万円だとすると、調整なしの納税額は80万円、調整ありなら34万円です。期首在庫の明細を作っておくだけで、46万円の差になります。
もう1つよくあるご相談が、インボイス登録を機に課税事業者になった個人事業主の飲食店です。2割特例を使えば売上税額の2割の納税で済みますが、開業時にまとめて仕入れた酒類や食材の在庫が多い場合、本則課税で期首棚卸資産の調整を行った方が納税額が小さくなることがあります。2割特例と本則課税は申告時にどちらかを選べるので、両方で計算して比較してください。
なお、資本金1,000万円以上で設立した会社や、特定の要件に当たる会社は設立1期目から課税事業者になり、この調整の出番がありません。詳しくは会社設立初年度から課税事業者！？資本金1,000万円未満でも気を付けて！をご覧ください。
向いていないケース・注意点
- 簡易課税を選んでいる会社：調整は使えません。期首在庫の金額が大きいなら、課税事業者になる最初の期は本則課税にして調整を受け、翌期から簡易課税に変更する方法も検討できます（簡易課税の届出は適用したい課税期間の前日までに提出）。
- 前期末の棚卸をしていない：実地棚卸の記録がなければ、明細を作れず控除も受けられません。免税事業者であっても、期末には必ず棚卸をしてください。
- 固定資産は対象外：免税期間中に買った車両・厨房機器・内装などは棚卸資産ではないため、調整の対象になりません。大型の設備投資を予定しているなら、課税事業者になってから購入する方が有利な場合があります。
- 課税事業者選択届出書で課税事業者になる場合の2年縛り：自ら届出を出して課税事業者になった場合、原則2年間は免税事業者に戻れません。調整による控除額だけでなく、2年間の納税額全体で判断してください。
- 免税に戻る年は納税額が増える：売上が1,000万円以下に戻って免税事業者になる年は、期末在庫分の控除が取り消され、想定より納税額が増えます。資金繰りに織り込んでおいてください。
よくある質問
Q. 期首棚卸資産の調整を忘れて申告してしまいました。後から直せますか？
A. 直せます。申告期限から5年以内であれば、更正の請求で控除を追加し、納めすぎた消費税の還付を受けられます。ただし、棚卸資産の明細と仕入時の請求書などで金額を証明できることが前提です。
Q. インボイス登録を機に課税事業者になり、2割特例を使う場合も棚卸資産の調整は必要ですか？
A. 2割特例は売上税額の2割を納める計算なので、仕入税額控除そのものを計算しません。したがって棚卸資産の調整は関係ありません。ただし、期首在庫が多い年は本則課税で計算した方が有利になることがあるため、両方で試算してください。
Q. 免税事業者だった期間に、免税事業者（インボイス未登録の業者）から仕入れた在庫も対象になりますか？
A. 対象になります。免税事業者等からの仕入れについては令和5年10月以降、控除割合が80％・70％・50％・30％と段階的に制限される経過措置がありますが、免税事業者から課税事業者になる際の棚卸資産の調整には、この制限は適用されず、全額が調整の対象になります。
Q. 調整の対象になるのは商品だけですか？
A. 商品のほか、製品・半製品・仕掛品・原材料・貯蔵中の消耗品など、棚卸資産に該当するものはすべて対象です。建物や機械などの固定資産は対象外です。飲食店なら食材や酒類の在庫、建設業なら未成工事支出金のうち材料費部分などが該当します。
Q. 簡易課税を選んでいる場合はどうなりますか？
A. 簡易課税では仕入税額控除を売上税額×みなし仕入率で計算するため、期首棚卸資産の調整は適用できません。期首在庫が多く、設備投資も予定している会社は、簡易課税を選ぶ前に本則課税との有利不利を比較してください。
おき会計にご相談ください
おき会計の見解としては、期首棚卸資産の調整は「知っているかどうか」だけで納税額が変わる、見落としの多い論点です。課税事業者になる最初の期は、簡易課税・2割特例・本則課税のどれが有利かを、期首在庫と設備投資の予定を含めて試算する必要があります。
おき会計は那覇市首里を拠点に、会社設立から法人顧問まで一貫して対応しています。freeeで在庫管理と税区分を整えておけば、消費税の試算もスムーズです。初回相談は無料ですので、課税事業者になる前にご相談ください。
