結論
ネットショップ・EC・物販の税務で税理士に頼むべきことは、モール手数料を差し引く前の総額で売上を計上する仕組みづくり、在庫・返品・送料を含めた粗利の把握、そして海外販売の輸出免税と副業から法人化までの判断です。おき会計は、Amazon・楽天・Shopifyなどの販売データをfreee・MFクラウドに自動で取り込む体制をつくり、法人成りから法人顧問まで一貫して支援します。初回相談は無料です。
ネットショップ・EC・物販でよくある会計・税務の悩み
EC事業者のご相談で多いのは、「売れているのに利益が分からない」「副業で始めたが、税金の扱いが分からないまま規模が大きくなった」という悩みです。
- モールからの入金額をそのまま売上にしていた。手数料や広告費がいくらかかっているか見えていない。
- 仕入れた商品の在庫が複数の倉庫やFBAに分散していて、期末にいくらあるか把握できない。
- 海外のお客様への販売が増えた。消費税がかからないと聞いたが、何を残しておけばよいか分からない。
- せどり・転売を副業で始めた。事業所得か雑所得か、開業届を出すべきか迷っている。
- 副業の売上が1,000万円に近づいてきた。インボイスや法人化をどう考えればよいか分からない。
ネットショップ・EC・物販特有の税務論点
モール手数料は「総額で売上、手数料は費用」が原則
Amazon、楽天、Yahoo!ショッピングなどのモールからの入金は、販売代金から販売手数料・広告費・FBA手数料などを差し引いた純額です。この入金額をそのまま売上にすると、売上高が過少になり、消費税の免税点（売上1,000万円）や簡易課税の判定（5,000万円）を誤ります。正しくは販売代金の総額を売上に計上し、手数料は支払手数料、広告費は広告宣伝費として費用に分けます。おき会計の見解としては、EC事業はこの「総額計上の仕組み」ができているかどうかで、帳簿の信頼性がほぼ決まります。
在庫・返品・送料の管理
期末に残っている商品は、自宅・倉庫・FBA倉庫のどこにあっても全て棚卸資産です。FBAの在庫レポートを期末日時点で保存し、自社倉庫の実地棚卸と合わせて在庫表を作ります。評価方法を届け出ていなければ最終仕入原価法が適用されます。返品は、商品が戻ってきた時点で売上を取り消し、再販できる商品は在庫に戻します。送料は、お客様から受け取る送料は売上（課税）、運送会社に支払う送料は荷造運賃（課税仕入れ）として、相殺せずに両方を記録します。
海外販売と消費税の輸出免税
海外のお客様への販売は、輸出の要件を満たせば消費税が免税です。条件は輸出を証明する書類の保存です。郵便（EMSなど）で送る20万円以下のものは、帳簿や郵便物の受領証などで足ります。それ以外（20万円を超える郵便物や国際宅配便で送るもの）は、輸出許可書などの保存が必要です。書類がないと免税が否認され、国内売上として10％の消費税がかかります。越境ECの比率が高い事業者は、国内の仕入れにかかった消費税が売上の消費税を上回るため、課税事業者を選んで還付を受ける方が有利になることがあります。免税事業者のままでは還付は受けられません。また、海外のプラットフォームや広告サービスに支払う費用は、国外事業者からの電気通信利用役務の提供としてリバースチャージの対象になる場合があります。
せどり・転売の税務
せどりや転売で継続的に利益を得ている場合、たとえ副業でも申告が必要です。給与所得者は副業の所得が20万円を超えると確定申告が必要になります。所得区分は、帳簿を保存していれば原則として事業所得、保存していなければ雑所得と扱われるのが現在の基準です。事業所得なら青色申告特別控除（最大65万円）と赤字の損益通算が使えるため、開業届と青色申告承認申請書を出し、帳簿をつけるメリットは大きいです。副業でも帳簿を保存すれば事業所得になる基準の詳細はこちらです。中古品を仕入れて販売する場合は古物商許可が必要です。
インボイスと2割特例の終了
お客様が一般消費者中心のネットショップは、インボイス登録をしなくてもお客様側に不利益はありません。登録を検討するのは、法人や事業者への販売が多い場合、モールで登録事業者の表示が販売に影響する場合、海外販売や設備投資で還付を受けたい場合です。免税事業者が登録した際に納税額を売上の消費税の2割に抑えられる「2割特例」は、2026年9月30日を含む課税期間で終了します。個人事業者は2026年分の申告が2割特例の最後です。2027年分・2028年分は3割特例を使えますが、その後を見据えて簡易課税（小売業は第2種・みなし仕入率80％）の選択届出を期限内に出すかどうかが論点になります。
副業から法人化へ
おき会計の見解としては、物販の利益が年500万円を超えて安定した段階が法人化の検討ラインです。法人にすると役員報酬で所得を分散でき、設立当初の消費税の免税期間を最大2年活用できる可能性があります。一方で、社会保険の加入義務、法人住民税の均等割、決算の手間と費用が増えます。沖縄での法人成りのタイミングは、消費税の課税事業者になる時期と合わせて決めるのが効果的です。
沖縄のネットショップ・物販ならではの事情
- 県産品の販売：泡盛、黒糖、海ぶどう、紅型など県産品のECは沖縄らしい事業です。泡盛を通販で売るには「通信販売酒類小売業免許」が必要で、酒税や品質表示の規制も関わります。食品は賞味期限管理と廃棄損の記録が必要です。
- 本土向けの送料負担：沖縄から本土への発送は送料が割高で、送料無料の価格設定は粗利を大きく削ります。商品別の送料込み粗利を月次で確認することが、本土の事業者以上に重要です。
- 台風による配送遅延：台風で航空便・船便が止まると発送が遅れ、キャンセルや返品が増えます。返品処理と在庫の戻しを月内に処理しておくと、期末の在庫差異が減ります。
- 離島からの発送：離島の事業者の方も、おき会計はオンラインで顧問対応しています。
おき会計ができること
- freee・MFクラウドでの経理体制づくり：導入支援300件以上（当事務所調べ）、5つ星freee認定アドバイザーです。モール・カート・決済・在庫管理のデータを自動で取り込み、総額計上と手数料の自動仕訳、送料の区分まで設定します。
- 会社設立・法人成り：法人成り支援100社以上の実績をもとに、個人事業からの移行時期、在庫の引継ぎ、消費税の免税期間の活用を設計します。
- 法人顧問：月次で商品別・チャネル別の粗利と在庫を確認し、決算の2〜3か月前に納税シミュレーションを行います。
- 創業融資：在庫を持つ物販は仕入れ資金が先に出ます。沖縄振興開発金融公庫の新規開業支援資金の活用を創業融資サポートで支援します。
- 税務調査対応：モールの売上データは税務署も把握しやすく、申告漏れは発見されやすい業種です。無申告や過少申告に気づいた段階での相談にも、沖縄全域で対応しています。
料金の目安
法人成りを見据えた個人事業主の方の決算・申告のみの料金（税込）と、法人顧問の料金の一部です。
| 区分 | 条件 | 料金 |
|---|---|---|
| 個人・決算のみ | 売上1,000万円未満・会計ソフト入力済み | 6.6万円 |
| 個人・決算のみ | 売上1,000万円以上2,000万円未満・会計ソフト入力済み | 8.8万円 |
| 法人顧問（お客様訪問コース） | 売上1,000万円未満 | 月額22,000円＋決算報酬132,000円（年間396,000円） |
| 法人顧問（お客様訪問コース） | 売上2,000万円以上3,000万円未満 | 月額30,800円＋決算報酬184,800円（年間554,400円） |
個人の消費税申告がある場合は原則課税6.6万円〜・簡易課税3.3万円〜、海外取引がある場合は別途加算されます。詳しくは料金ページと個人事業主向け料金プランをご確認ください。
向いていないケース
- 副業の規模が小さく、法人化の予定もなく、確定申告の代行だけを安く頼みたい方。個人の確定申告は、法人成りを見据えた方を中心に対応しています。
- モールの売上の一部を申告から外したいとお考えの方。おき会計は税務調査で説明できる帳簿づくりしか行いません。
- 海外法人の設立や各国の付加価値税（VAT）登録など、国外の税務手続きそのものをお求めの方。日本の税務の範囲でのサポートになります。
よくある質問
Q. Amazonや楽天からの入金額をそのまま売上にしています。問題ありますか？
A. 問題があります。入金額は販売代金から手数料や広告費を差し引いた純額なので、売上が過少に計上されます。正しくは販売代金の総額を売上に、手数料や広告費を費用に分けて記録します。売上高は消費税の免税点（1,000万円）や簡易課税の判定（5,000万円）にも使う数字なので、純額処理はそれらの判定を誤る原因になります。
Q. 海外のお客様に販売した分は消費税がかからないと聞きました。本当ですか？
A. 輸出として要件を満たせば免税です。輸出を証明する書類の保存が条件です。郵便（EMSなど）で送る20万円以下のものは、帳簿や郵便物の受領証などで足ります。それ以外（20万円を超える郵便物や国際宅配便で送るもの）は、輸出許可書などの保存が必要です。書類がないと免税が否認され、国内売上として課税されます。輸出が多い事業者は、仕入れにかかった消費税の還付を受けられるため、課税事業者を選ぶ方が有利な場合があります。
Q. 副業で物販をしています。事業所得と雑所得のどちらになりますか？
A. 帳簿書類を保存していれば、原則として事業所得として扱われます。ただし副業収入が300万円以下で、本業の収入に比べて僅少な場合や、赤字が続いて営利性が疑われる場合は雑所得とされることがあります。事業所得なら青色申告特別控除や損益通算が使えるため、開業届と青色申告の届出を出し、帳簿をつけることが大切です。
Q. ネットショップでもインボイス登録は必要ですか？
A. お客様が一般消費者なら、登録しなくてもお客様側に不利益はありません。ただし、法人や個人事業主への販売が多い場合、モールの仕組みで登録事業者であることが表示される場合、海外販売や設備投資で消費税の還付を受けたい場合は、登録や課税事業者の選択を検討します。登録すると売上1,000万円以下でも納税が必要になるため、売上構成を見て判断します。
Q. 副業の物販が伸びてきました。法人化の目安はありますか？
A. おき会計の見解としては、物販の利益が年500万円を超えて安定し、翌年以降も続く見込みが立った段階が検討ラインです。法人化すると役員報酬で所得を分散でき、消費税の免税期間を最大2年活用できる可能性があります。一方、社会保険の加入義務と法人の維持コストが増えます。本業の勤務先の副業規定も確認が必要です。
まずは無料相談から
EC事業の数字は、総額計上・在庫・送料の3点を整えると、商品ごとの本当の利益が見えるようになります。副業の段階でも、法人化を考え始めた段階でも、モールの売上レポートを手元にご相談ください。初回相談は無料で、オンラインでも対応しています。お問い合わせフォームからご連絡ください。
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