結論
歯科医院で税理士に頼むべきことは、「自由診療（課税）と保険診療（非課税）が混在する消費税の計算と技工料・材料費の区分」「CT・ユニットなど設備投資の償却と税制優遇」「医療法人化と分院展開の時期の判断」の3点です。おき会計は那覇市の法人顧問に特化した税理士事務所として、freee・MFクラウドで収入を保険・自費に分けて月次管理し、決算の2〜3か月前に納税予想を行いながら、法人化や分院の判断を院長と一緒に進めます。
歯科医院でよくある会計・税務の悩み
歯科医院の悩みは、医科のクリニックより自由診療の比率が高いことから、消費税と投資の論点が大きくなる点に特徴があります。おき会計によくご相談いただく内容は次のとおりです。
- 自由診療が増えて消費税の課税事業者になったが、計算方法が合っているか不安。
- 技工料や材料費のどこまでが仕入税額控除できるのかわからない。
- CTやユニットの入替で数千万円の投資をするが、何年で償却し、どんな優遇があるのか知りたい。
- 歯科衛生士が採用できず、人件費と採用費が年々増えている。
- 分院を出したいが、医療法人化が必要と聞いて手順と税金の影響がわからない。
歯科医院特有の税務論点
自由診療と保険診療の消費税
保険診療は消費税が非課税、インプラント・矯正・セラミック・ホワイトニングなどの自由診療は課税（10％）です。自由診療の収入が年間1,000万円を超えると、翌々年から課税事業者になります。課税と非課税が混在する歯科医院では、仕入税額控除の計算を「個別対応方式」と「一括比例配分方式」のどちらで行うかが納税額を左右します。自由診療に直接対応する技工料や材料の消費税を全額控除できる個別対応方式が有利なことが多く、そのためには仕入を3区分で記帳しておく必要があります。おき会計の見解としては、開業時から収入と仕入を区分して記帳する体制が、歯科医院の消費税対策の出発点です。
技工料
外注技工所への技工料は課税仕入です。自由診療の補綴物に係る技工料は個別対応方式なら全額控除でき、保険診療分は控除できません。両方に使う場合は課税売上割合で按分します。院内に歯科技工士を雇用している場合は給与で、消費税の控除はありません。外注技工所がインボイス未登録の個人技工所であれば、2026年10月から2028年9月までは消費税相当額の70％（2028年10月から50％、2030年10月から30％、2031年10月以降は控除不可）しか控除できないため、自由診療分の価格設定への影響を確認します。
材料費
歯科材料は種類が多く、金銀パラジウム合金（金パラ）のように価格変動の大きいものもあります。期末に残っている材料は原則として棚卸資産に計上し、使用した分だけを経費にします。金額の大きい貴金属やインプラント体は、在庫数量の管理と期末棚卸を必ず行ってください。自由診療専用の材料は、消費税の個別対応方式で全額控除できるため、保険用材料と仕入先の請求書段階で区分できると記帳が楽になります。
医療法人化
所得が所得税の高い税率帯に入る頃、分院を出したいとき、退職金を準備したいときが、医療法人化を検討する節目です。法人化すると、理事長報酬による所得分散、親族への役員報酬、退職金の損金算入、法人税率の適用といった効果があります。一方、現在設立できるのは「持分なし」の医療法人で、利益の配当はできず、解散時の残余財産は個人に戻りません。県知事の認可が必要で、受付時期も限られます。社会保険の加入義務や決算届などの事務負担も含め、自院の数字で複数年の試算をしてから判断します。医科・歯科のみに認められる節税の仕組みは医院・歯科医院のみに認められる節税対策の解説をご覧ください。
設備（CT・ユニット）の償却
歯科診療用のユニットなどの機器は法定耐用年数7年、CTなどのX線装置はより短い年数で償却します。1台数百万円から数千万円の投資になるため、中小企業経営強化税制の即時償却・税額控除の対象になるかを発注前に確認します。保険診療中心の医院では、機器の消費税はほとんど控除できないため、税込価格で投資回収を試算する必要があります。購入かリースかは、償却・金利・資金繰りの3点で比較します。沖縄独自の設備投資税制も含めた考え方は設備投資による節税の解説にまとめています。
スタッフ採用
歯科衛生士・歯科助手の採用難は全国的で、沖縄も例外ではありません。紹介会社への手数料は支払手数料、求人広告は広告宣伝費として経費です。入職支度金や住宅手当は名目により給与課税の対象となり、源泉徴収が必要です。賃上げを行った年は、賃上げ促進税制による法人税（所得税）の税額控除を受けられる可能性があり、給与総額の増加率を決算前に確認します。個人の歯科医院でも、常時5人以上の従業員がいれば社会保険の加入義務があります。
分院
個人の歯科医師が管理者になれる診療所は1か所のため、分院を出すには医療法人化が必要です。分院ごとに管理者（歯科医師）を置き、県への手続きを行います。会計上は、分院別の損益を部門別に把握できる体制が不可欠です。本院の利益で分院の赤字を補う期間が続くと、法人全体の納税額と資金繰りの見通しが崩れます。freeeの部門別管理で、分院の立ち上げ期の損益と投資回収を月次で追えるようにします。
沖縄の歯科医院ならではの事情
沖縄の歯科医院経営には、県特有の環境があります。第一に、那覇市・浦添市など中南部での医院の集中と競争です。自由診療の料金設定と集患（ホームページ・広告）の費用対効果を数字で見る必要があります。第二に、北部・離島の歯科医療資源の不足です。離島での巡回診療や出張には渡航費・宿泊費が生じ、おき会計は離島の事業者にもオンラインで対応しています。第三に、人材確保です。歯科衛生士の養成校が限られ、採用費と人件費の上昇が続いています。第四に、台風時の休診と予約キャンセルです。休診日の固定費を月次で記録し、資金繰りに反映します。第五に、観光客や在沖米軍関係者の急患対応です。自費診療や外国人患者の対応は課税売上となり、課税売上割合に影響します。
おき会計ができること
- 法人顧問（医療法人）：顧問先の約95％が法人の事務所として、月次試算表で保険・自費別、分院別の数字を確認し、決算の2〜3か月前に納税シミュレーションを報告します。
- freee・MFクラウドでの経理体制づくり：レセプト入金・自費収入・カード決済・銀行口座を連携し、課税・非課税の区分と仕入の3区分を自動化します（freee・MFクラウド導入支援300件以上・当事務所調べ）。
- 開業・法人化・創業融資：法人成り支援100社以上の経験を医療法人化の試算に活かし、開業資金は沖縄振興開発金融公庫の新規開業支援資金を軸に創業融資サポートで対応します。
- 税務調査対応：自由診療収入の計上漏れ、材料の棚卸、消費税の区分など歯科特有の論点を整理して立ち会います。
- 事業承継：親族・勤務医・第三者への承継の税務、医療法人の持分の整理を支援します。
料金の目安
法人顧問（お客様訪問コース・記帳は自社で行う場合）は、売上3,000万円以上5,000万円未満で月額38,500円・決算報酬231,000円（年間693,000円）、売上5,000万円以上1億円未満で月額44,000円・決算報酬264,000円（年間792,000円）、売上1億円以上は別途見積もりが標準料金（税込）です。記帳代行は月額18,700円からの加算です。消費税の個別対応方式や分院の部門別管理など、内容により変動しますので初回相談時にお見積りします。詳しくは料金ページをご確認ください。
向いていないケース
おき会計は法人顧問に特化しているため、医療法人化の予定がない個人歯科医院の確定申告のみのご依頼は、原則としてお受けしていません。自由診療の現金収入を帳簿から外す、材料の棚卸を省略するといったご相談もお断りしています。レセプトや決済のデータをクラウド会計につなぐことに抵抗がある医院も、おき会計のやり方とは合わない可能性があります。
よくある質問
Q. 自由診療が増えて課税売上が1,000万円を超えました。消費税の計算で有利な方法はありますか？
A. 課税売上と非課税売上が混在する歯科では、個別対応方式が有利になることが多いです。自由診療の技工料・インプラント材料など、課税売上にだけ対応する仕入の消費税は全額控除できるためです。そのためには、仕入を「課税対応」「非課税対応」「共通」の3つに区分して記帳する必要があり、freeeの税区分設定で運用します。
Q. 外注技工所がインボイス未登録です。どう対応すればよいですか？
A. 未登録の技工所への支払いは、2026年10月から2028年9月までは消費税相当額の70％しか控除できず、その後は50％、30％と下がり、2031年10月以降は控除できません。自由診療分の技工料は控除への影響が大きいため、技工所と登録の有無や価格を確認し、控除できない分を自由診療の料金に織り込むかを検討します。保険診療分の技工料はもともと控除できないため、影響はありません。
Q. 歯科医院が医療法人になる目安はありますか？
A. おき会計の見解としては、所得が所得税の高い税率帯に入ったとき、分院を出したいとき、退職金を準備したいときの3つが分かりやすい節目です。法人化すると配当ができず、県の認可や決算届などの事務負担が増えるため、自院の数字で複数年の試算をしてから判断します。
Q. CTや新しいユニットを入れる年に、税金で検討すべきことは？
A. 中小企業経営強化税制の即時償却や税額控除が使えるかを、発注前に確認します。消費税は、保険診療中心の医院では機器の消費税がほとんど戻らないため、税込価格で投資回収を試算します。購入とリースの比較、法定耐用年数による償却額の見込みも、決算前の納税予想に織り込みます。
Q. 歯科衛生士に支払う給与や採用費で、税務上注意する点はありますか？
A. 紹介会社への紹介手数料は支払手数料として経費です。入職時の支度金や住宅補助は、名目によって給与課税の対象になります。賃上げを行った年は、賃上げ促進税制の税額控除を受けられる可能性があるため、決算前に給与総額の増加率を確認します。
まずは無料相談から
「自由診療が増えてきた今、消費税と法人化をどう考えるか」「CTやユニットの入替前に税金の影響を知りたい」という段階からご相談ください。初回相談は無料で、現在の収入区分と帳簿の運用を確認したうえで、優先して整える点をお伝えします。お問い合わせフォームまたはお電話（098-943-1112）からどうぞ。
事務所の概要・料金・代表者は、那覇市の税理士事務所おき会計のトップページでご覧いただけます。
