結論
freee会計は「優良な電子帳簿」の保存要件に対応しているため、①freee会計の設定、②社内規程の作成・運用、③税務署への届出の3つを行えば、税務調査で課される過少申告加算税が10％から5％に軽減されます（15％の部分は10％に）。追加納付40万円なら加算税は4万円が2万円になります。要件を満たせなくても加算税が重くなることはなく、デメリットはほぼありません。
優良電子帳簿保存とは：加算税が5％軽くなる「保険」
優良電子帳簿保存とは、電子帳簿保存法が定める厳しめの要件（訂正・削除の履歴が残る、帳簿同士のつながりが分かる、検索できる）を満たした帳簿を保存し、税務署に届け出る制度です。
見返りは、税務調査で申告漏れが見つかったときの過少申告加算税（納めるべき税金を少なく申告したペナルティ）が5％軽減されることです。
| 追加税額の区分 | 通常の過少申告加算税 | 優良電子帳簿を備えている場合 |
|---|---|---|
| 原則部分 | 10％ | 5％ |
| 加重部分（当初申告額と50万円のいずれか多い方を超える部分） | 15％ | 10％ |
例えば、税務調査で40万円の所得税を追加納付することになった場合、通常は過少申告加算税10％の4万円が課されます。優良電子帳簿の要件を満たしていれば5％の2万円で済みます。
この軽減は申告漏れに「仮装・隠蔽」があった場合（重加算税の対象）には適用されません。あくまで、うっかりミスや見解の相違による追徴に対する保険です。
個人事業主にとっては、2027年（令和9年）分からは優良な電子帳簿が青色申告特別控除の上乗せ要件にもなります。詳しくは青色申告75万円控除はいつから？令和9年分の要件・freee対応をご覧ください。
①freee会計の設定：期首の仕訳入力前に「優良電子帳簿保存」をオンにする
freee会計では設定を2か所変えるだけで、優良電子帳簿の保存要件のうちシステム側で担保すべき部分が満たされます。
手順は次のとおりです（2024年1月時点の画面。画面構成は変更される場合があるため、freeeヘルプセンターの「優良電子帳簿について」も併せてご確認ください）。
- ［設定］メニュー→［事業所の設定］→［詳細設定］を開く。
- 仕訳関連設定で、仕訳番号の形式として「数字」または「英数字」のどちらかを選択して保存する。
- 電子帳簿保存法設定の「優良電子帳簿保存」で「使用する」にチェックして保存する。
この設定により、freee会計上で次の要件が確保されます。
- データの訂正・削除の履歴が分かる（訂正削除履歴の確保）。
- 記帳の際に仕訳番号が付与され、帳簿間の相互関連性が確保される。
- 仕訳を取引日・取引金額・取引先の各条件で検索でき、検索要件を満たす。
年度途中の設定はその年度には効かない
設定は年度の途中からでも行えますが、途中から設定した年度は優良電子帳簿の要件を満たしたことにはなりません。適用は翌年度からです。
当年度から適用したい場合は、期首の最初の仕訳を入力する前に設定を済ませる必要があります。新しい事業年度が始まるタイミング、またはfreeeを導入するタイミングで必ず確認してください。
個人事業主の「賃金台帳」の扱い
元々、個人事業主は法人と異なり、優良電子帳簿の対象帳簿に「賃金台帳」が含まれていました。freee会計は賃金台帳の優良電子帳簿保存に対応していなかったため、従業員を雇う個人事業主は軽減措置を使えない場合がありました。
その後の改正で、2024年（令和6年）1月1日以後に申告期限が来る分からは優良電子帳簿として備えるべき帳簿の範囲が整理され、「その他必要な帳簿」は売掛帳・買掛帳・固定資産台帳・売上帳・仕入帳・経費帳（賃金・給料・法定福利費・厚生費を除く）など、所得計算に直結する帳簿に限定されました。これにより、個人事業主でも賃金台帳の問題で軽減措置が使えないケースは基本的に解消されています。おき会計の見解としては、従業員のいる個人事業主も、現在は優良電子帳簿保存を検討する価値があります。
②社内規程：入力期限は「取引の翌月末」など現実的な期日に
優良電子帳簿保存には、帳簿の電子計算機処理に関する事務手続を明らかにした書類（社内規程）を備え付ける必要があります。
国税庁がテンプレート（国税関係帳簿に係る電子計算機処理に関する事務手続を明らかにした書類）を公開しており、国税庁ホームページからダウンロードできます。
注意したいのは、テンプレートの「2 入力担当者は、次の期日までに仕訳データの入力を行う」が「取引日の翌日」になっている点です。毎日仕訳を入力する運用は実務上ほぼ不可能なので、「取引の翌月末日」などに書き換えて運用するのが現実的です。
ただし上限があります。国税庁の電子帳簿保存法一問一答（問29）では、最長2か月までの業務処理サイクルを「通常の期間」として扱うとしています。2か月を超える入力期限を規程に書かないよう注意してください。
規程は作って終わりではなく、実際にそのとおり運用していることが前提です。freeeの取引登録を月次で締め、翌月末までに入力を終える体制を作りましょう。
③税務署への届出：法定申告期限までに提出する
優良電子帳簿保存の適用を受けるには、「国税関係帳簿の電磁的記録等による保存等に係る過少申告加算税の特例の適用を受ける旨の届出書」を税務署に提出する必要があります。
提出期限は、適用を受けたい年度の法定申告期限までです。例えば、会社が2024年1月〜2024年12月の事業年度から適用を受けたい場合は、法定申告期限の2025年2月28日までに提出します。個人事業主なら、適用したい年分の確定申告期限（翌年3月15日）までです。
届出は一度提出すれば、取りやめの届出をしない限り翌年度以降も有効です。
また、法人の場合は、この軽減措置に合わせて「法人事業概況説明書」の記載要領も変更されています。決算申告時に、電子帳簿保存の状況欄の記載漏れがないよう確認してください。
freee会計なら3ステップで比較的簡単に適用できる
優良電子帳簿保存は、freee会計を利用していれば上記①〜③を行うことで比較的簡単に適用できます。
①〜③のほかにも、帳簿を画面や書面に出力できるようディスプレイ・プリンタを備え付けること、システムの概要書やマニュアルを備え付けること（クラウド会計の場合はヘルプページ等で代替可）といった要件があります。国税庁の「優良な電子帳簿の要件チェックシート」を使って確認してください。
万一、要件に不備があった場合でも、過少申告加算税が5％軽減されないだけで、加算税が加重されることはありません。設定・届出にかかる手間とコストはわずかなので、税務調査時の保険として備えておくことをお勧めします。
沖縄での具体例
沖縄でfreee会計を導入している法人からは、「設定したつもりだったが期首前に済んでいなかった」というご相談がよくあります。
例1：那覇市の飲食店を経営する法人（12月決算）。freee導入時に優良電子帳簿保存の設定を忘れ、6月に気づいて設定したケース。この場合、当年度は要件を満たさず、翌年1月からの事業年度で適用になります。届出書は翌年度の申告期限（翌々年2月末）までに出せば間に合います。
例2：建設業の法人（3月決算）。工事台帳と会計の突合に時間がかかり、仕訳入力が決算直前にまとめて行われていたケース。社内規程に「翌月末までに入力」と書いていても、実態が伴っていなければ要件を満たしません。freeeの請求書・入出金の自動連携を使い、月次で締める体制に変えることで、優良電子帳簿と月次決算の早期化を同時に実現できます。
例3：従業員3名の個人事業主（美容室）。以前は賃金台帳の問題で軽減措置を見送っていたが、帳簿範囲の見直し後に設定・届出を行ったケース。2027年（令和9年）分からの青色申告特別控除の要件にも備えられます。
向いていないケース・注意点
- 仮装・隠蔽による追徴には効きません。重加算税（35％）が課されるケースでは軽減措置は適用されません。
- 期首前の設定が必須です。年度途中に設定しても、その年度は対象外です。freee導入初年度は特に注意してください。
- 規程と実態がずれていると否認されるおそれがあります。「翌月末まで」と書きながら半年分をまとめて入力している場合は、要件を満たしません。
- freee以外の会計ソフトや、Excel・手書きの帳簿では要件を満たせません。優良電子帳簿に対応したソフトへの切り替えが必要です。
- 電子取引データの保存義務とは別物です。メールで受け取った請求書などの電子データ保存は、優良電子帳簿とは関係なく全事業者に義務があります。詳しくは電子取引データ保存義務化に注意！【2024年1月以降】をご覧ください。
よくある質問
Q. 優良電子帳簿保存をすると、どのくらい得になりますか？
A. 税務調査で追徴があったときの過少申告加算税が5％軽減されます。追加納付40万円なら加算税4万円が2万円になります。追徴がなければ直接の得はありませんが、設定・届出のコストはほぼかかりません。
Q. freee会計の設定を年度の途中にした場合、今期から適用できますか？
A. できません。設定した年度は要件を満たしたことにならず、翌年度からの適用です。今期から適用したい場合は、期首の最初の仕訳入力前に設定が必要です。
Q. 届出書はいつまでに出せばよいですか？
A. 適用を受けたい年度の法定申告期限までです。2024年1月〜12月決算の法人なら2025年2月28日まで、個人事業主なら翌年3月15日までです。一度出せば翌年度以降も有効です。
Q. 社内規程の入力期限はどう書けばよいですか？
A. 国税庁テンプレートの「取引日の翌日」は現実的ではないため、「取引の翌月末日」など運用できる期日に変更します。ただし2か月を超える期日は認められないので注意してください。
Q. 要件を満たせていなかった場合、ペナルティはありますか？
A. ありません。加算税が5％軽減されないだけで、加重されることはありません。この点で、優良電子帳簿保存の設定・届出にデメリットはほぼないと考えています。
おき会計にご相談ください
優良電子帳簿保存は、freee会計を使っていれば低コストで備えられる税務調査の保険です。設定のタイミングと社内規程の運用さえ押さえれば、難しい制度ではありません。
税理士事務所おき会計（那覇市首里）は、freee・MFクラウド等の導入支援300件以上（当事務所調べ）の実績があり、5つ星freee認定アドバイザーとして設定から届出、月次の運用体制づくりまで支援しています。これからfreeeを導入する方も、すでに使っていて設定が不安な方もご相談ください。
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