ふるさと納税の確定申告は受領書不要？e-Taxで証明書データを使う手順を解説

ふるさと納税の控除を受ける方法は「確定申告」と「ワンストップ特例」の2つ

ふるさと納税で税金が安くなるのは、寄附額から2,000円を引いた金額が、所得税と住民税から差し引かれるからです。ただし控除は自動では受けられず、「確定申告」か「ワンストップ特例制度」のどちらかの手続きが必要です。

ワンストップ特例制度は、寄附先が1年間で5自治体以内で、もともと確定申告をする必要がない給与所得者などが使える制度です。寄附のたびに申請書を自治体へ送れば、確定申告をしなくても翌年度の住民税から控除されます。

一方、次のような方は確定申告で寄附金控除を受ける必要があります。

• 個人事業主・不動産オーナーなど、もともと確定申告が必要な方
• 医療費控除や住宅ローン控除（初年度）などで確定申告をする方
• 寄附先が6自治体以上になった方
• ワンストップ特例の申請書を期限（翌年1月10日必着）までに出せなかった方

注意したいのは、ワンストップ特例を申請していても、あとから確定申告をするとワンストップ特例は無効になる点です。確定申告をする場合は、ふるさと納税の分も必ず申告書に記載してください。記載を忘れると、控除がまるごと受けられなくなります。

令和3年分から「寄附金控除に関する証明書」のデータで申告できる

令和3年分（2021年分）の確定申告から、特定事業者のポータルサイトが発行する「寄附金控除に関する証明書」を使って申告できるようになりました。従来は自治体ごとに届く寄附金受領書を保管し、申告書の「寄附金の受領証等の記載事項」欄へ寄附年月日・寄附先の所在地と名称・寄附金額を1件ずつ転記する必要がありました。受領書を紛失すれば、自治体に再発行を依頼する手間もかかりました。

証明書データを使えば、その年にそのポータルサイト経由で行った寄附が1枚（1ファイル）にまとまります。利用方法は次の3通りです。

申告方法	証明書の使い方	向いている方
e-Tax（マイナポータル連携）	ポータルサイトとマイナポータルを連携しておくと、申告書作成時に証明書データが自動で取り込まれる	マイナンバーカードを持ち、スマホやICカードリーダーでe-Taxを使う方
e-Tax（XMLファイル取込）	ポータルサイトから証明書データ（XML形式）をダウンロードし、確定申告書等作成コーナーで読み込む	マイナポータル連携の設定をしていない方
書面提出	XMLデータを国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」で読み込み、印刷して申告書に添付する	紙で提出する方

いずれの方法でも、個別の寄附金受領書を添付したり転記したりする必要はありません。会計ソフトや確定申告書等作成コーナーが証明書データから寄附先・金額を読み取り、寄附金控除の欄を自動で埋めてくれます。

特定事業者とは：国税庁長官が指定したふるさと納税ポータルサイト

証明書データを発行できるのは、国税庁長官の指定を受けた「特定事業者」だけです。元記事を書いた令和3年9月15日時点では、ふるなび、さとふる、楽天ふるさと納税、ふるさとチョイスなどの大手ポータルサイトが指定されていました。その後も指定を受ける事業者は増えており、最新の一覧は国税庁ホームページで確認できます。

ポータルサイトを選ぶときは、返礼品や使い勝手だけでなく「特定事業者に該当しているか」も確認してください。特定事業者でないサイトや、自治体へ直接申し込んだ寄附については、従来どおり自治体から届く寄附金受領書で申告することになります。

なお、総務省のルール変更により、2025年10月からはポータルサイトが寄附者にポイントを付与することが禁止されました。ポイント目当てでサイトを選ぶ理由は薄れたので、2026年以降は「証明書データが使えるか」「自分が使う会計ソフトやe-Taxと連携しやすいか」を基準に選ぶことをおすすめします。

個人事業主・経営者がふるさと納税で気をつける3つのポイント

個人事業主や会社経営者は、給与所得者と比べて控除上限の見極めと申告方法に注意が必要です。

1. 控除上限は所得が確定するまで決まらない

控除上限の目安は住民税所得割額の約2割です。給与所得者は源泉徴収票から計算できますが、個人事業主は12月末の決算が終わるまで所得が確定しません。おき会計では、11月〜12月に当年の利益見込みを出し、上限の8割程度を目安に寄附することをおすすめしています。上限を超えた寄附は単なる自己負担になります。

2. ワンストップ特例は使えないので証明書データを活用する

個人事業主は確定申告が必須なので、ワンストップ特例は使えません。寄附件数が多い方ほど、特定事業者1〜2社にまとめて寄附し、証明書データで申告するメリットが大きくなります。

3. 法人の寄附は「企業版ふるさと納税」という別制度

会社名義の寄附は個人のふるさと納税とは別物です。法人が自治体の地方創生事業に寄附する「企業版ふるさと納税（地方創生応援税制）」では、損金算入と税額控除を合わせて寄附額の最大約9割が軽減されます。ただし返礼品はなく、自社の本店所在地の自治体への寄附は対象外です。経営者ご自身の寄附は個人のふるさと納税、会社としての地域貢献は企業版と、使い分けて検討してください。

沖縄での具体例

例えば那覇市で飲食店を営む個人事業主の方が、12月に利益見込みを確認したうえで、楽天ふるさと納税とふるさとチョイスの2サイトから合計8自治体に寄附したとします。寄附先が6自治体以上なのでワンストップ特例は使えませんが、もともと確定申告が必要な方なので問題ありません。翌年2月、各ポータルサイトから「寄附金控除に関する証明書」のXMLデータを2件ダウンロードし、確定申告書等作成コーナーに読み込めば、8自治体分の寄附先・金額が自動で入力されます。8枚の受領書を探して転記する作業はゼロになります。

また、沖縄県内の自治体に寄附するケースもよくご相談いただきます。自分が住んでいる市町村への寄附も寄附金控除の対象にはなりますが、返礼品は受け取れません。石垣市や宮古島市など、住所地以外の県内自治体への寄附であれば返礼品も受け取れるので、地元を応援しながら控除を受けたい方はこの点を押さえておいてください。

観光業やサービス業の経営者の方で、会社としても地域に貢献したい場合は、個人のふるさと納税と並行して企業版ふるさと納税を検討するご相談もあります。寄附先や対象事業が限られるので、決算前に税理士へご相談ください。

向いていないケース・注意点

• 所得が少なく住民税がほとんどかからない方：控除上限が小さく、2,000円の自己負担を超えるメリットが出にくいです。開業初年度で赤字見込みの方も同様です。
• 複数のポータルサイトを使い分けている方：サイトごとに証明書データが分かれるため、取り込み漏れが起きやすくなります。1〜2サイトに絞るか、申告前にすべてのサイトの寄附履歴を照合してください。
• 特定事業者以外のサイトや自治体へ直接寄附した方：その分は従来どおり寄附金受領書での申告が必要です。受領書は申告後も5年間は保管してください。
• ワンストップ特例を申請したあとで確定申告をする方：ワンストップ特例は無効になるので、確定申告書にふるさと納税の分を必ず記載してください。医療費控除のために確定申告をして、ふるさと納税の記載を忘れるケースがよくあります。
• 証明書データだけ保存して受領書を捨ててしまう方：証明書データで申告できても、税務署から確認を求められた場合に備え、受領書やポータルサイトの寄附履歴は残しておくのが安全です。

よくある質問

おき会計にご相談ください

おき会計は沖縄県那覇市の税理士事務所です。法人顧問に特化しており、個人の確定申告は原則として顧問先の経営者様や法人成りをご検討中の個人事業主様を対象にお受けしています。ふるさと納税の控除上限の見込み計算や、証明書データを使った確定申告、企業版ふるさと納税の検討まで、決算前の段階からご相談いただけます。

• 税務申告サービス【個人】
• 個人の確定申告等の料金プラン
• 沖縄で確定申告を税理士に依頼するメリットは？費用相場と選び方

初回相談は無料です。お問い合わせフォームからお気軽にご連絡ください。